23 июля особым следственным совещанием при Коллегии ГПУ УССР осуждён на три года ссылки в Северный край, но затем отправлен на работу в каменоломни в Коростене. 6 октября того же года освобождён медкомиссией по инвалидности. 18 мая 1934 г. возведён Киевским архиепископом Сергием (Гришиным) в сан игумена с возложением палицы. Под руководством протоиерея Павла Яковлевича Светлова Леонтий написал работу «Жития святых, как материал для христианской апологетики», за которую указом Московской патриархии от 29 ноября 1934 г. ему была присуждена степень кандидата богословия. 9 июля 1935 г. экзархом Украины Киевским митрополитом Константином (Дьяковым) по указу заместителя патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии патриарх Московский и всея Руси) Леонтий был возведён в сан архимандрита. 12 июля того же года выслан НКВД из Киева. С 1937 г. скрывался от властей, жил в Переяславе, Киеве и Житомире. Во время Великой Отечественной войны после занятия Украины немецкими войсками вошёл в состав Украинской православной автономной церкви, сохранявшей каноническую связь с Московским патриархатом. 26 ноября 1941 г. Леонтий был хиротонисан во епископа Бердичевского. Хиротонию в Почаевскйо в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской лавре возглавлял экзарх Украины Волынский архиепископ Алексий (Громадский; впоследствии митрополит). Леонтий стал первым викарием архиепископа Алексия (Громадского). 7 мая 1942 г. был назначен управляющим Винницкой епархией. После смерти в 1943 г. митрополита Алексия (Громадского) к Леонтию перешло управление Житомирской епархией. За время служения там Леонтий рукоположил свыше сотни священников, к лету 1943 г. епархия насчитывала около 300 приходов. Был открыт мужской монастырь, два женских монастыря и два женских скита. В ноябре 1943 г., перед тем как немецкая армия оставила Житомир, Леонтий вместе с иеродиаконом Вениамином (Вознюком) выехал в Варшаву. С июля 1944 г. жил в Вене, затем в Мюнхене. 16 мая 1944 г. архиерейский Синод РПЦЗ принял Леонтия в свою юрисдикцию и 7 августа того же года назначил епископом Потсдамским, викарием Берлинского и Германского митрополита Серафима (Ляде). Леонтий не приступил к служению в силу непризнания им архиерейской хиротонии митрополита Серафима (Ляде). 4 сентября архиерейский Синод РПЦЗ постановил отменить назначение Леонтия викарным епископом Германской епархии ввиду того, в частности, «что Преосвященный Леонтий не получил канонического отпуска от епископов Украинской Автономной Церкви». 6 сентября 1945 г. архиерейский Синод РПЦЗ принял Леонтия в состав епископата РПЦЗ вместе с другими архиереями Украинской автономной церкви. 7 сентября 1945 г. архиерейский Синод РПЦЗ учредил в Бразильской и Сан-Паульской епархии Парагвайское викариатство, возглавлять которое был назначен Леонтий в помощь правящему архиепископу Феодосию (Самойловичу).