17 июля 1667 г. Лазарь вместе с протопопом Аввакумом Петровым предстал перед Собором с участием двух восточных патриархов в Крестовой патриаршей палате. Основанием для привлечения Лазаря к духовному суду в соборном деянии указаны его «ложные прелестные писания и изустно злословные укоризны». И Аввакум, и Лазарь остались верными своим убеждениям: «...В покаяние приити не восхотеша, и еще святейших патриарх и весь освященный Собор похулиша, и неправославными нарекоша». Описание этого заседания (правда, без упоминания Лазаря) вошло в Житие протопопа Аввакума. Оба защитника старых обрядов были лишены священства и преданы анафеме. В этот же день перед Собором предстали инок Епифаний и диакон Феодор Иванов. 5 августа 1667 г. Лазарь ещё раз был допрошен тремя архимандритами: владимирского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря Филаретом, Варлаамиева Хутынского в честь Преображения Господня монастыря Иосифом и ярославского в честь Преображения Господня монастыря Сергием. Поскольку и эти увещания не дали результата, Лазарь был передан гражданскому суду. 26 августа 1667 г. состоялся царский указ о гражданской казни и ссылке Аввакума, Лазаря и их единомышленников. 27 августа 1667 г. Лазарь и Епифаний были подвергнуты казни урезания языка (быстрое возвращение чёткости речи Лазарь связывал с новым чудесным явлением ему пророка Илии); после чего Лазарь вместе с Аввакумом Петровым, Никифором и иноком Епифанием был сослан в Пустозёрский острог. Сюда узников доставили 12 декабря 1667 г. (20 апреля 1668 г. к ним присоединился Феодор Иванов); началось 15-летнее заточение в земляной тюрьме, испытание голодом и холодом, новые казни. В первые годы ссылки Лазарь продолжил писательские труды в защиту «старой веры»; составил две челобитные («сказки») – царю Алексею Михайловичу и патриарху Иоасафу II. 20 февраля 1668 г. он объявил за собой «великое духовное и тайное царское дело», но пустозёрский воевода Иван Савинович Неелов отказался послать сочинения Лазаря в Москву без предварительного прочтения. 7 августа 1669 г. Лазарь подал челобитную с жалобой на действия И.С. Неелова. Этот документ был получен в Москве 14 октября, 25 ноября по нему состоялось решение: пустозёрскому воеводе было разрешено взять у Лазаря «сказки» и отправить их в Москву. Посланные в феврале 1670 г. автографы сочинений Лазаря были получены в Москве 1 апреля 1670 г., 15 апреля царь Алексей Михайлович, заслушав из них выписки, распорядился передать «сказки», как полагают исследователи, для разбора, архимандриту Чудова в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастыря Иоакиму (Савёлову; впоследствии патриарх). Активность пустозёрских узников (и не в последнюю очередь Лазаря) подтолкнула власти к ужесточению их содержания. 14 апреля 1670 г. по царскому указу состоялась новая публичная казнь: Лазарю, Феодору и Епифанию вторично вырезали языки и отсекли пальцы правых рук. Со вступлением на престол 30 января 1676 г. царя Фёдора Алексеевича наметилось некоторое послабление в отношении пустозёрских узников: в сентябре 1676 г. их было решено перевести «под начал» в Кожеезерский (Кожеозерский) в честь Богоявления и в Спасо-Каменный в честь Преображения Господня монастыри, однако 24 февраля 1677 г. решение было отменено. 6 января 1681 г. старообрядцы разбрасывали в Кремле «свитки богохульные» и мазали дёгтем царские гробницы в Архангельском соборе; вдохновителем этих действий власти сочли Аввакума Петрова. В марте 1682 г. в Пустозёрске начался сыск по поводу распространения Аввакумом из земляной тюрьмы писаний, направленных против царя и высшего духовенства, а 14 апреля 1682 г., в Страстную пятницу, пустозёрские узники, в том числе Лазарь, были сожжены.