Людовик XIV издал декларацию, согласно которой для учреждения монастырей требовалось согласие короля (1659 г.), запретил монахам самовольно покидать обители и бродяжничать (1661 г.), ввёл правило обязательного согласия короля на монашеский постриг (1671 г.). Королевские указы послужили причиной споров между Людовиком XIV и Папским престолом по вопросу о полномочиях папской и королевской властей. Король стремился распространить условия Болонского конкордата (1516 г.), действовавшего в границах Франции 1520 гг., на новые провинции, вошедшие в состав Французского королевства по условиям Пиренейского мира, для чего требовалось официальное согласие Папского престола. В 1663 г. Людовик XIV использовал нападение на французское посольство в Риме, имевшее место 20 августа 1662 г., как предлог для аннексии Авиньона (в 1664 г. город был возвращён понтифику, однако впоследствии неоднократно аннексировался). Кроме того, Людовик XIV навязал папе Римскому Александру VII (1655–1667 гг.) подписание Пизанского трактата (1664 г.), согласно которому предусматривалось распространение норм Болонского конкордата на новые французские земли. Другим спорным вопросом был вопрос о так называемой королевской регалии. Согласно обычаю, принятому во всех северофранцузских землях, после смерти епископа король временно замещал его до назначения преемника как в получении доходов от епископских земель (светская регалия), так и в назначении на вакантные бенефиции (духовная регалия). Эдиктами 1673 и 1675 гг. Людовик XIV распространил регалию на всё королевство. Короля поддержала ассамблея французского духовенства; лишь два прелата (Никола Павийон, епископ Але, и Франсуа Этьен де Коле, епископ Памье) отвергли распоряжения монарха и обратились с жалобой к папе Римскому, который поддержал их действия. В первой половине XVII в. во Франции распространился янсенизм, приверженцев которого преследовали как церковные, так и светские власти. Главным идейным противником янсенистов стал Орден иезуитов, его представители по традиции были духовниками короля и оказывали на него значительное влияние. Людовик XIV не только усматривал в янсенизме угрозу единству католической церкви во Франции, но и негативно относился к янсенистам из числа бывших участников Фронды. Король требовал от клириков подписания формуляров, в которых осуждались идеи Корнелия Янсения. При посредничестве папы Римского Климента IX (1667–1669 гг.) конфликт короля с янсенистами был временно улажен, после чего во Франции установился церковный мир, так называемый мир Климента (1669–1679 гг.). Взаимоотношения Людовика XIV с Римом обострились в понтификат Иннокентия XI (1676–1689 гг.), последовательно защищавшего прерогативы папской власти. Папа расценил позицию Людовика XIV по вопросу о регалии как узурпацию церковной власти и в своих бреве (1678, 1679, 1680 гг.) призывал отменить декларации о регалии, угрожая королю санкциями.