Поддержка восставших лидером реформационных преобразований была более чем своевременна, т.к. в некоторых районах восстание приняло религиозный, как правило, прокатолический характер: высказывались требования заменить новую литургию старой мессой; восстановить «Шесть статей» и аббатства. Позиция Хью Латимера, отличавшаяся от официальной, позволила ему завоевать ещё большую популярность в народе. В 1549 г. палата общин ходатайствовала перед королём о возвращении Хью Латимеру епископской кафедры Вустера, но он решил только проповедовать, отказавшись от церковной карьеры. Хью Латимер писал, что он произносит две проповеди каждое воскресенье и каждый день, зимой и летом, поднимается ранним утром, чтобы готовиться к этим проповедям. Тем не менее, он принимал участие в работе церковных комиссий: по реформированию церковного права (1549–1550 гг.), по рассмотрению ереси анабаптистов (1551 г.), по изданию «Книги общих молитв». В связи со смертью короля Эдуарда VI и с приходом к власти католички Марии Тюдор (1553–1558 гг.) в Англии была восстановлена католическая церковь, и началось преследование протестантов. Хью Латимер, один из признанных лидеров Реформации и самый яркий её проповедник, 4 сентября 1553 г. получил сообщение об аресте. Известие было сообщено Хью Латимеру за несколько часов до прибытия стражников, однако он не воспользовался возможностью избежать заключения и наказания, решив, что должен вести себя в соответствии со своими проповедями. 13 сентября Хью Латимер предстал перед судом и был препровождён в Тауэр. В марте 1554 г. он, епископ Николас Ридли и архиепископ Томас Кранмер были переведены в Оксфорд для участия в диспуте с теологами из двух университетов, затем были помещены в тюрьму Бокардо в Оксфорде, где должны были ждать суда по обвинению в ереси. Суд проходил при непосредственном участии епископа Лондонского Эдмунда Боннера и епископа Уинчестерского Стефана Гардинера, последовательных защитников католицизма. 16 октября 1555 г. Хью Латимер был публично сожжён вместе с епископом Николасом Ридли. По легенде, в тот момент, когда начал разгораться костёр, Хью Латимер, чтобы поддержать Николаса Ридли, произнёс: «Не стоит беспокоиться, мастер Ридли, сегодня мы зажгли такую свечу в Англии, которая, Боьей милостью, никогда не угаснет». Ещё при жизни Хью Латимера было издано несколько сборников его проповедей (в 1548, 1549, 1550 гг.); после смерти Хью Латимера сборники, содержавшие 27 проповедей, издавались в 1562, 1571, 1572, 1584, 1596, 1635 гг. и пользовались неизменной популярностью.