Самыми активными борцами с реликвиями стали Хью Латимер и Джон Хилзи. Томас Кранмер, одобрив их активность, сам не был столь деятельным и, будучи человеком гораздо более осторожным и дальновидным, больше следил за изменением политики Генриха VIII. В конце 1530 – начале 1540 гг. король и его окружение отступили на католической позиции. В ноябре 1538 г. Хью Латимер принял участие в деле Джона Ламберта, который отрицал реальность присутствия Тела Христа в таинстве евхаристии. Несмотря на уговоры Томаса Кранмера и Хью Латимера не настаивать на своих убеждениях, Джон Ламберт обратился к королю как к главе церкви, был осуждён и 22 ноября публично сожжён, как упорствовавший еретик. Ещё более очевидным свидетельством отступления правительства от реформационных воззрений стало издание Генрихом VIII «Шести статей» («Объявление об обязанностях и Божественном установлении епископов и пресвитеров»; «A Declaration Made of the Functions and Divine Institution of Bishops and Priests»), этот статут протестанты назвали «плёткой о шести концах». В период его подготовки Томас Кранмер в течение трёх дней пытался доказать членам парламента неправомочность положений этого документа и уступил только после непосредственного вмешательства короля; Хью Латимер, не согласившись с положениями статута, был вынужден отказаться от епископской кафедры и был опять взят под стражу. Большинство исследователей полагают, что благодаря ходатайству Томаса Кранмера Хью Латимер был освобождён уже в 1540 г., но другие считают, что он пребывал в заключении до конца правления Генриха VIII (1547 г.). После казни Томаса Кромвеля в июле 1540 г. Хью Латимер потерял самого влиятельного защитника при дворе и был вынужден оставаться в тени до восшествия на престол принца Эдуарда, сына Генриха VIII и его третье жены Джейн Сеймур, который, согласно завещанию отца, стал королём Эдуардом VI. Его правление было недолгим, но очень продуктивным в деле продвижения Реформации: в эти годы была издана «Книга общих молитв» (1549 г., вторая редакция в 1552 г.); в Англию были приглашены видные деятели Реформации: Мартин Буцер, Ян Лаский, Пётр Мартир; велась активная переписка с Филиппом Меланхтоном, Жаном Кальвином. Генрихом Буллингером; был утверждён новый вероисповедный документ – «Сорок две статьи». Хью Латимер совместно с Томасом Кранмером и Николасом Ридли принял участие в составлении «Книги гомилий» (1547 г.). 18 января 1548 г. у собора святого Павла после «восемь лет тишины» Хью Латимер выступил с «Проповедью о плуге» («Homily about Plough»). В ней он назвал дьявола «самым усердным епископом и прелатом во всей Англии», который «никогда не покидает своей епархии» и является «наиспособнейшим проповедником во всём королевстве». И везде, где бы он ни поселился, «где бы ни проходил его плуг, там выносятся книги – и вносятся свечи, убираются Библии – и достаются чётки..., отменяются предания Божьи и Его святое Слово». В проповедях Хью Латимер уделял всё больше внимания социальному протесту. Летом 1549 г., когда Англию охватил самый крупный в XVI в. крестьянский мятеж под предводительством Роберта Кета, Хью Латимер поддержал восставших и не раз выступал с проповедями о пороках века, о «чудовищном и зловещем голоде, чинимом человеком». «Все богатства скапливаются в руках немногих. Вы имеете слишком много, гораздо более чем необходимо».