Расположение короля и дальнейшее сближение Хью Латимера с лидерами реформационного движения в Англии (Томасом Кромвелем и Томасом Кранмером) не уберегло его от обвинения в ереси в 1532 г. Формальным поводом послужила проповедническая деятельность Хью Латимера на территории епархии без разрешения епископа. Лондонский епископ Джон Стоксли настоял на том, чтобы Хью Латимер прибыл в город и предстал перед Верхней палатой конвокации. На следствии Хью Латимер высказался против догмата о существовании чистилища и необходимости поклонения святым, за что был заключён в тюрьму. Позиции Хью Латимера существенно укрепились после того, как Томас Кранмер стал главой английского духовенства – архиепископом Кентерберийским (1533 г.). Росту популярности Хью Латимера способствовало его участие в теологическом диспуте с известным католическим проповедником У. Хаббердином (Бристоль, 1533 г.). Определяющим событием в развитии Реформации в Англии стало принятие парламентом «Акта о супрематии» («Act of Supremacy», 1534 г.), согласно которому король становился главой церкви и собственником её земельных владений. Хью Латимер получил от Томаса Кранмера специальное разрешение проповедовать в Кентербери и при дворе, а с 1535 г. возглавил Вустерскую епархию. В марте 1536 г. вместе с Томасом Кранмером и Николасом Шакстоном допрашивал еретиков по поручению короля и во время беседы с Генрихом VIII обратил его внимание на нужды бедных (бедственное положение крестьян способствовало росту волнений в Линкольншире и Йоркшире). В 1536 г. была созвана конвокация с целью обсуждения и принятия первого англиканского вероучительного документа. На открытии конвокации Хью Латимер выступил с проповедью, осуждавшей догмат о чистилище и почитание икон, как не соответствующие Слову Божию. Проповедь была произнесена на латинском языке, впоследствии переведена на английский и многократно переиздавалась. Хью Латимер принимал активное участие в дебатах, представляя вместе с Томасом Гудричем, епископом Илийским, Николасом Шакстоном, епископом Солсберийским, Эдвардом Фоксом, епископом Херефордским, Джоном Хилзи, епископом Рочестерским, Уильямом Барлоу, епископом Сент-Дейвидским, группу последовательных сторонников церковных реформ, возглавляемую Томасом Кранмером. В ходе ожесточённых споров были выработаны основные положения «Десяти статей», но Хью Латимер был недоволен результатом. В одной из проповедей он говорил: «Это какая-то смесь и всякая всячина; я не могу даже сказать, что это такое: отчасти папизм, отчасти истинная религия, смешанные между собою...», назвав то, что они сделали, «месивом из Евангелия». В отличие от некоторых реформаторов Хью Латимер защищал практику совершения исповеди, т.к. считал, что её отмена может нанести серьёзный ущерб морали и нравам общества. Документ, составлявшийся с учётом мнений протестантов и католиков, не устроил ни одну из сторон. Тем не менее, появление в Англии первого протестантского «символа веры» имело большое значение для дальнейшего развития Реформации. Реформационные настроения в этот период были распространены в университетах и в столице, однако кампания 1538 г. против реликвий проводилась и в возглавляемых протестантскими епископами епархиях.