В связи со вторжением на украинские земли турецкого войска во главе с султаном Мехмедом IV и переходом в 1672 г. Правобережного гетманства под власть Османской империи Лазарь в качестве местоблюстителя собрал в Киеве настоятелей монастырей Иоанникия (Галятовского), Иннокентия (Гизеля), Михаила (Лежайского). В 1673 г. Москва обратилась к Лазарю с просьбой о посредничестве в налаживании связей с митроплитом Иосифом (Нелюбовичем-Тукальским) и гетманом П.Д. Дорошенко, чтобы убедить их разорвать союз с «бусурманами». Пользуясь случаем, Лазарь просил Москву помочь восстановить Борисоглебский монастырь. Не получив помощи в достаточном размере, Лазарь выразил своё недовольство и не проявил усердия в выполнении поручений русского правительства, которое привлекло к посредничеству Иннокентия (Гизеля). Избранный в 1672 г. гетман Иван Самойлович Самойлович пытался ограничить политическую активность Лазаря и киевского духовенства в целом. Лазарь, надеясь сохранить своё влияние на ход событий, в 1674 г. подписался под посланным в Москву доносом И.С. Самойловича на протоиерея Симеона Адамовича, в котором того обвинили в сотрудничестве с П.Д. Дорошенко. В 1677 г. Лазарь вместе с другими представителями духовенства участвовал в военном суде над нежинским протопопом в Батурине и подписал ему смертный приговор. Владения протопопа перешли к Черниговскому архиепископу. Левобережное духовенство во главе с Лазарем оказало поддержку гетману Ивану Самойловичу во время Чигиринских походов 1677–1678 гг. В 1678–1679 гг. Лазарь поддержал обращение в Москву православных иерархов Правобережья Антония (Винницкого) и Гедеона (Святополка-Четвертинского), которые добивались, чтобы русское правительство выступило в защиту православных в Речи Посполитой. Когда король потребовал организации диспута между православными и униатами, православные во главе с Антонием (Винницким) предложили вести полемику Лазарю и Иннокентию (Гизелю). Лазарь не участвовал ни лично, ни через представителей в Киевском соборе 1685 г., на котором митрополитом был избран сторонник перехода под власть Московской патриархии епископ Луцкий Гедеон (Святополк-Четвертинский). Царской грамотой 1686 г. митрополиту Гедеону (Святополку-Четвертинскому) была возвращена в подчинение Черниговская архиепископия. Он прилагал усилия к лишению Лазаря титула архиепископа, а тот неоднократно жаловался в Москву на притеснения со стороны митрополита и обращался за поддержкой к царевне Софье Алексеевне. В марте 1688 г. Лазарь просил царей Ивана и Петра Алексеевичей и патриарха Иоакима принять архиепископию под омофор Московского патриарха с поставлением его преемников в Москве, а не в Киеве. Царской грамотой от 24 июня 1688 г. Черниговская архиепископия была переведена в ведение Московского патриарха на том основании, что митрополиту могут подчиняться только епископы, но не архиепископы (Архив Юго-Западной Руси, часть 1, том 5).