В 1669 г. Лазарь ещё раз обращался в Москву, прося царя прислать войска на защиту в связи с походом П.Д. Дорошенко на Левобережье (Архив Юго-Западной Руси, часть 1, том 9). Помощь своевременно не поступила, и П.Д. Многогрешный обвинил в этом Лазаря. Отчасти с санкции русского правительства Лазарь предлагал митрополиту Иосифу (Нелюбовичу-Тукальскому) обратиться к православному монарху, рассчитывая, что при его помощи удастся отговорить П.Д. Дорошенко от протурецкого курса и склонить к союзу с Москвой («...в православной Руси без православного володаря жити не можна», – писал Лазарь). Обратился Лазарь к правобережному гетману и с увещеванием отпустить пленённых им воевод. В 1668–1669 гг. Лазарь добился в Москве жалованья, которое в своё время получал местоблюститель Мефодий (Филимонович). Пытаясь единолично контролировать сношения киевского духовенства с Москвой, Лазарь выражал недовольство, что нежинский протопоп Симеон Адамович выполнял ряд посреднических поручений русского правительства и со временем стал оказывать всё более сильное влияние на П.Д. Многогрешного. В отправленный в 1669 г. в Москву наказ был включён в том числе пункт, чтобы в Москве не принимали никаких писем от представителей киевского духовенства, кроме как от Лазаря. После Андрусовского перемирия и междоусобиц 1668 г. наметился перелом в отношении киевского духовенства к России: посланцы в Москву начали обращаться не только к царю, но и к патриарху. Лазарь (как и другие представители духовенства) сообщал о случаях притеснения православных со стороны поляков, прежде всего, на землях Великого княжества Литовского. Лазарь узнал об этих фактах из переписки с Феодосием (Василевичем) в 1670 г. В конце 1660 – начале 1670 гг. Лазарь участвовал в выступлениях левобережного духовенства против передачи Киева полякам. Клирики также требовали, чтобы русское правительство выступило в защиту православных в Речи Посполитой. Поскольку Киевский митрополит Иосиф (Нелюбович-Тукальский) жил на Правобережной Украине, Лазарь фактически управлял митрополией. Он убеждал П.Д. Многогрешного препятствовать действующему митрополиту вершить духовную власть на Левобережье. Лазарь предлагал восстановить древнюю Переяславскую епископию, оставив за митрополией только правобережные владения. В письме царю от 30 июня 1670 г. он просил разрешить ему управлять левобережной частью, Киевом и теми землями на правом берегу, что отошли России по Андрусовскому перемирию. В ответ Лазарю было поручено «ведать духовенство всей восточной Малороссии и Киевской области» (эти функции он исполнял до 1685 г.). Но ещё с весны 1669 г. Лазарь фактически управлял теми областями, которые не были подчинены Черниговской кафедре, и частично исполнял по просьбе игумена киевского Златоверхого во имя архангела Михаила мужского монастыря Феодосия (Сафоновича) епископские обязанности по отношению к Киеву. Лазарь продолжал жить в Новгороде-Северском; дела Киевской консистории были возложены на Феодосия (Сафоновича). Хотя Киевская митрополия не была юридически подчинена Московскому патриархату, левобережное духовенство фактически оказалось под властью Малороссийского приказа.