Однако Тверской епископ Феодор отказался признать его власть. Только старший из сыновей Александра Тверского Всеволод «многу сотвори честь и дары даде Роману митрополиту» («Полное собрание русских летописей», том 10). Во время военных действий литовские войска разорили город Алексин – владение митрополичьей кафедры, купленное митрополитом Петром. Как отмечено в соборном определении 1361 г. и в патриаршей грамоте, адресованной Роману, патриархия неоднократно предлагала ему подчиниться решению Синода о разграничении сфер влияния митрополитов, но Роман эти предложения игнорировал. В июле 1362 г. было принято решение о проведении расследования. На территорию Литовской митрополии должны были направиться патриаршие апокрисиарии для рассмотрения деятельности митрополита Романа, чтобы провести опрос и его, и епископов. И в соборном деянии, и в грамоте, адресованной Роману, указывалось, что, если митрополит не явится к апокрисиариям, следствие пройдёт без его участия. Расследование, как полагают исследователи, не состоялось и несомненно не было завершено, т.к. зимой 1361/1362 гг. митрополит Роман умер, и с его смертью прекратила своё существование Литовская митрополия. После смерти Романа патриарх и император «возвратили землю Литовскую митрополиту Киевскому и всея Руси» («Русская историческая библиотека», том 6). Некоторое время единство Киевской митрополии сохранялось. В 1363 г. митрополит Алексий ездил в Литву и поставил епископа в Брянске, в следующем году крестил в Твери дочь Ольгерда. Положение изменилось, когда к 1368 г. молодой князь Дмитрий Иванович Донской при поддержке митрополита Алексия приступил к формированию коалиции, которая должна была содействовать объединению русских земель вокруг Москвы и положить конец литовскому наступлению на русскую территорию. Началась Московско-литовская война. После этого митрополиту Алексию был закрыт доступ на земли, находившиеся под властью Ольгерда, и литовский правитель стал добиваться в Константинополе поставления другого митрополита для его владений и владений князей – его союзников, противников Москвы. Однако Константинопольский патриарх Филофей Коккин не дал на это согласия и в течение ряда лет пытался выступать как посредник между враждующими сторонами, добиваясь их примирения, чтобы митрополит Алексий получил возможность выполнять свои пастырские обязанности на всей территории Киевской митрополии. В попытках посредничества с середины 1370 гг. стал принимать участие приближённый патриарха болгарин Киприан. Исследователи отмечают, что ход последующих событий трудно поддаётся восстановлению, т.к. они по-разному охарактеризованы в соборных постановлениях 1380 и 1389 гг., отражающих точку зрения противоборствующих лагерей – сторонников митроплита Алексия и его противников. Однако исследователи определённо утверждают, что в ходе переговоров между Киприаном и литовскими князьями установилось взаимопонимание, и они выдвинули его своим кандидатом на митрополичью кафедру. Патриархия оказалась перед трудным решением.