Особый интерес для исследователей представляет иконографическая программа росписей ризницы (крипты) в правой части алтаря («Иаков благословляет своих сыновей», «Избиение Вифлеемских младенцев», «Шествие в Эммаус»). На престольный праздник, в день памяти преподобного Игнатия Агаллиана, в Лимоносе отменяется аватон, и женщинам разрешается войти на монастырский двор. Древнейшая часть монастырского комплекса – северное крыло с кельями XVI в. В одной из них подвизался преподобный Игнатий, в настоящее время в ней устроен парекклисион, освящённый во имя этого святого. В нём сохранились фрагменты фресок XVI в. Келейные корпуса построены в 1915 г. В западном крыле была расписанная фресками трапезная с тремя конхами (здание находится в полуразрушенном состоянии). В западном корпусе центральной ограды хранятся церковные облачения и утварь, иконы, фрагменты фресок, а также находится библиотека. В музее также находятся Евангелие X в., патриаршие сигиллии, султанские фирманы и др. Библиотека насчитывает 5 тыс. печатных книг и больше 500 рукописей, в числе которых помимо произведений святых отцов и богослужебных книг (в том числе служебные Минеи) есть важные памятники византийского права: «Шестокнижие» и другие произведения Константина Арменопула (вторая половина – конец XIV в.), «Шестокнижие» Арменопула и «Синтагма» Матфея Властаря (1420/1421 г.), переработка «Прохирона» (XVI в.), «Florilegium Lesbiacum» (вторая половина XV в.). Среди рукописей есть также и иллюминированные: Евангелие-лекционарий (Х в.), Гомилии Иоанна Златоуста на Евангелие от Матфея (XI в.), Четья Минея Симеона Метафраста за октябрь (вторая половина XI в.), Орологий монастыря «Неусыпающих» (вторая половина XII в.), Евангелие-тетр (конец XIV – начало XV вв.). Собрание икон включает около 300 произведений, большинство из них исследователи датируют серединой XVI – XVIII вв., лишь три относят к более раннему периоду: «Положение во гроб» (конец XV – начало XVI вв.), «Распятие» (начало XVI в.) и «Деисус» (начало XVI в.). В коллекции есть работы критской школы (например, образы Христа Пантократора и Божьей Матери Одигитрии 1593 г.), но со второй половины XVII в. преобладают иконы местных мастеров. Среди икон есть редкие по иконографии: «Первые шаги Христа» и «Христос, благословляющий монахов» (конец XVI – первая половина XVII вв.). Церковные облачения происходят из Константинополя, с Крита, из Малой Азии, Адрианополя и Дунайских княжеств, а также из местной золотошвейной мастерской (например, плащаница 1587 г.). Кладбищенский храм Успения Пресвятой Богородицы с росписями XVI в. расположен вне стен монастыря. На расстоянии 1 км от Лимоноса находится одно из его подворий с церковью Преображения Господня (XVI в., фрески 1577 г.). В 2016 г. в Лимоносе подвизались три монаха, игуменом был архимандрит Никодим (Павлопулос).