На средства монастыря осуществлялось строительство не только учебных заведений, но и необходимых для жителей этой местности мостов, водопроводов, колодцев. Лимонос выделял деньги на издание книг и стипендии учащимся богословских школ. Подворья Лимоноса находились не только на Лесбосе, но и в Кидонии (ныне Айвалык) и на острове Проконисос (ныне Мармара) в Мраморном море. В середине XIX в. в Лимоносе действовала школа под руководством иеромонаха Порфирия из Мандамадоса (впоследствии игумен Лимоноса), а затем школа Лимониада (в 1883 г. была размещена близ Калони). В 1880 г. в Лимоносе был введён особножительный устав. В 1882 г. монастырь фактически утратил статус ставропигиального, а в 1936 г. окончательно перешёл в юрисдикцию Мифимнской митрополии. В 1967 г., при игумене Никодиме (Павлопулосе), монастырь вернулся к общежительному устройству. По инициативе игумена Никодима в Лимоносе были открыты дом престарелых и интернат для учеников гимназии и лицея Калони. Из числа монастырской братии вышли митрополит Фессалоникийский Макарий (ум. в 1546 г.), архиепископ Синайский Иоанникий (ум. в 1717 г.), митрополит Смирнский Хрисанф (ум. в 1869 г.), митрополиты Митилинские Паисий (1590–1603 гг.), Констанций (раньше 1621 – 1629 гг.), Даниил Макрис (1676 и 1692 гг. – после 1696 г.), Иаков (Клеомвротос; 1958–1987 гг.), священномученик Евфимий (Агрителлис), епископ Зильский (ум. в 1921 г.), Дионисий (Хараламбус), митрополит Триккский и Стагонский (ум. в 1970 г.) и др. Собор во имя архангела Михаила находится в центре монастырского двора, он был построен в 1526 г. на основе более древнего здания. Собор многократно ремонтировался: в 1536, 1584, 1590, 1600, 1711, 1714 и 1758 гг. При постройке в 1795 г. нового собора в него были включены части восточной и северной стен прежнего здания. Он представляет собой трёхнефную базилику, к которой с севера и юга пристроены галереи, с запада – двойной нартекс (начало XVIII в., преобразован в двойной в 1795 г.), по углам – четыре парекклисиона: апостола Иоанна Богослова (XVII в.), Александра Мифимнского (1898 г., первоначально помещение использовалось как библиотека), Рождества Пресвятой Богородицы (конец XVIII в.) и священномученика Харалампия (1795 г.). Пятый парекклисион устроен над святым источником в правом пастофории алтаря. В 1800 г. собор был расписан монахом Никифором Святогорцем. В центральной и северной апсидах, а также в северо-восточной части крипты сохранились фрески конца XVI в.