Уже в XIII в. формирование государства Ливонского ордена привело к обострению отношений с местными епископами во главе с архиепископом Риги. В 1275 г. магистр Эрнст фон Ратцебург (1274–1279 гг.) добился от германского короля Рудольфа I Габсбурга права высшей юрисдикции по отношению к населению Риги; тем самым был создан прецедент отчуждения светских прерогатив у церковного ландсгерра. Важным успехом Ливонского ордена в борьбе за подчинение епископата стало создание в 1290 г. при епископе Курляндии кафедрального капитула из шести каноников – братьев-священников Тевтонского ордена, живших по орденскому уставу. Новые каноники избирались из числа братьев-священников Тевтонского ордена по разрешению магистра Ордена в Ливонии. Хотя в правовом отношении Курляндское епископство оставалось самостоятельным и не входило в состав орденских владений, епископы, избиравшиеся из числа каноников, были членами Ордена, после чего епископы Курляндии стали назначаться Орденом. С конца XIII в. главным объектом притязаний Ливонского ордена стало Рижское архиепископство. Борьба Ордена с архиепископами Риги во многом определила характер ливонской политической истории. В противостоянии Ливонского ордена и архиепископов Риги приняли участие вассалы ландсгерров Ливонии и города, которые использовали ситуацию для претворения в жизнь собственных политических программ, а также правители соседних с Ливонией государств, императоры и папство. В это же время Рижские архиепископы неоднократно обращались за помощью к Литовским великим князьям, позже – к правителям Польско-Литовского государства. В 1307–1311 гг. к суду папы Римского Климента V (1305–1314 гг.) в Авиньоне обращался Рижский архиепископ Фридрих фон Пернштейн (1304–1341 гг.). Письма, отправленные в 1321–1322 гг. папе Иоанну XXII (1316–1334 гг.) Литовским великим князем Гедимином, свидетельствуют об ожесточённости этого конфликта: Гедимин писал, что рыцари Ордена разрушают церкви, построенные их соперниками, препятствуют деятельности католических монашеских Орденов, нанося тем самым ущерб мирной христианизации его подданных. Несмотря на столь серьёзное противодействие, ливонскому магистру Эберхарду фон Монхайму удалось заручиться поддержкой императора Людовика IV Баварского и в 1330 г. провозгласить Ливонский орден ландсгерром Риги. Вместе с тем императоры не желали инкорпорации Рижского архиепископства в состав Ливонского ордена, и в 1426 г. оно было объявлено императорским леном. В ходе противостояния Ливонского ордена и местных епископов возник ливонский ландтаг. В 1420 г. Рижский архиепископ Иоганн Амбунди, рассчитывая объединить все оппозиционные Ливонскому ордену силы, созвал представительное собрание. Во второй половине XV в. ландтаг стал органом, координировавшим деятельность государств ливонской конфедерации (Ливонский орден занимал в нём лидирующие позиции). Внешнеполитические неудачи Ливонского ордена: поражение в Вилькомирской битве (1 сентября 1435 г.), в войне с Новгородом и Псковом (1444–1448 гг.) вынудили руководство Ордена пойти на уступки епископату, на стороне которого выступили вассалы Ордена и города.