Представление о попранной справедливости, широко распространившееся в Ливонии, позволило Ливонскому ордену провозгласить себя защитником христиан от «схизматиков» и использовать этот тезис в своём противостоянии с ливонскими епископами. Вхождение Великого Новгорода в состав Московского государства (1478 г.) повлекло за собой дестабилизацию русско-ливонских отношений. Новгородские земли были розданы многочисленным московским помещикам, которые стали принимать активное участие в обороне псковских рубежей и совершать нападения на сопредельные ливонские территории. В 1492 г. на берегу реки Наровы против Нарвы была возведена каменная крепость Ивангород, которая стала основным местом военного присутствия московских войск в непосредственной близости от ливонской границы. В 1494 г. Иван III Васильевич закрыл ганзейскую контору (Немецкий двор) в Великом Новгороде. Несмотря на обоюдное стремление урегулировать конфликт в ходе мирных переговоров (1494–1497 гг.), войны избежать не удалось. В 1501–1502 гг. Ливонский орден вёл военные действия против Пскова, в союзе с которым выступали Великий Новгород и Москва. Война шла с переменным успехом: в августе 1501 г. на реке Серице магистр Вальтер фон Плеттенберг разбил русское войско, но в ноябре того же года в битве под Гельметом (ныне Хельме, Эстония) потерпели поражение отряды епископа Дерптского. 13 сентября 1502 г. у озера Смолина магистр вновь одержал победу. В 1503 г. заключили мир «по старине», но полностью пограничные споры с Псковом устранены не были. После вхождения Пскова в состав Московского государства русско-ливонские отношения вновь ухудшились, однако военные действия не были начаты. В течение последующих 50 лет Ливонский орден стремился сохранять мирные отношения со всеми соседями. В 1525 г. верховный магистр Тевтонского ордена Альберт Бранденберг-Ансбахский перешёл в протестантизм, сложил с себя полномочия верховного магистра и объявил о секуляризации прусского подразделения Ордена. Образованное тогда герцогство Прусское стало первым протестантским государством в Европе. Идеи Реформации нашли сторонников и в Ливонии; церковные ландсгерры и Ливонский орден, желая избежать внутренних конфликтов, проводили политику религиозной терпимости. Реформационные настроения распространились и в Ливонском ордене, который использовал Реформацию для продолжения борьбы с местными епископами. Появилась идея создания в Ливонии единого светского государства при сохранении за Орденом статуса государя. При этом Орден пресекал попытки церковных ландсгерров провести секуляризацию в своих владениях. В 1556 г. была предпринята попытка преобразовать Рижское архиепископство в светское государство, которая окончилась неудачей. Поводом к конфликту между Вильгельмом Бранденбург-Ансбахским, архиепископом Рижским (1539–1561 гг.), и ливонским магистром Генрихом фон Галеном (1551–1557 гг.) послужило назначение коадъютором архиепископа Рижского герцога Христофора Мекленбург-Шверинского, который был родственником польского короля Сигизмунда II Августа. Генрих фон Гален воспринял назначение как подготовительный шаг к передаче Ливонии под власть Польши, собрал ландтаг и объявил о начале войны Ливонского ордена с архиепископом.