Опираясь на военную поддержку Ливонского ордена, Миндовг намеревался подавить сильную оппозицию знати в Великом княжестве Литовском, однако после того как жямайты подняли восстание против Ордена (во главе восставших стоял племянник Миндовга князь Тройнат (Тренята)) и одержали победу при Дурбе (1260 г.), король разорвал отношения с Орденом (около 1261 г.). Ливонский орден потерял Жямайтию. Король Миндовг заключил военно-политический союз с Владимирским великим князем Александром Ярославичем Невским и его сыном, новгородским наместником Димитрием Александровичем. В 1262 г. союзники должны были вместе выступить против Ливонского ордена, однако эти планы не осуществились, т.к. Орден к тому времени заручился поддержкой части литовской знати, не согласной с политикой своего государя, и Миндовг был убит. Принявший православие Литовский великий князь Войшелк (1264–1268 гг.), придя к власти, отпустил на свободу пленных католиков из владений Ливонского ордена, польских и мазовецких земель, однако продолжил вооружённые вторжения на земли Ордена. Политика литовского государя и восстание пруссов вынудили папу Римского Климента IV (1265–1268 гг.) в 1266–1268 гг. предпринять попытку организации Крестового похода в поддержку Тевтонского ордена в Ливонии и Пруссии; поход должен был возглавить чешский король и австрийский герцог Пржемысл II Отакар (1253–1278 гг.). За участие в Крестовом походе папа обещал передать ему Литву, но правитель Чехии в войне против Литвы участия не принял, ограничившись ведением военных действий в хорошо известных ему прусских землях. Угроза вторжения крестоносцев заставила Литовского великого князя язычника Тройдена (1269 – 1281/1282 гг.) предпринять два похода во владения Ливонского ордена. В 1262 г. земли ливонских ландсгерров были разорены новгородскими и владимиро-суздальскими войсками великих князей Димитрия Александровича, его дяди Ярослава (Афанасия) Ярославича, Полоцкого князя Товтивила и Витебского князя Константина. В начале 1268 г. Ливонский орден и его союзники потерпели поражение от русского войска, которым командовал Новгородский князь Димитрий Александрович, в битве при Везенберге (Раковоре); там погиб Дерптский епископ Александр. В ответ ливонский магистр Конрад фон Мандерн (1263–1266 гг.) предложил осуществить торговую блокаду Новгорода, а в 1269 г. организовал поход на Псков, который окончился неудачей ввиду успешных военных действий Псковского князя Довмонта (Тимофея). Стороны вступили в переговоры и в начале 1270 г. заключили мирный договор на условиях 1224 г. и отказа Ливонского ордена от торговой блокады, что соответствовало интересам ганзейских купцов и ливонских городов, занимавших ключевые позиции в русско-ливонской торговле. Между 1273 и 1278 гг. Литовскому князю Тройдену также удалось заключить с Рижским архиепископом Иоанном I (1273–1284 гг.), с городом Ригой и с ливонским магистром Эрнстом фон Ратцебургом договор о свободной торговле. В XIV в. Ливонский орден принимал активное участие в «литовских рейзах», куртуазных рыцарских предприятиях, организованных верховными магистрами Тевтонского ордена для представителей европейской знати («гостей»), которые представляли собой краткосрочные набеги на земли языческой Литвы. Благодаря им Ливонский орден укрепил своё присутствие в Курляндии.