Иерархическая структура кафедр Патриархата по сравнению с прежними традициями византийской Константинопольской православной церкви не претерпела существенных изменений. Папа разрешал назначать епископов в Латинскую империю из греков и сохранять некоторые греческие обряды в церкви, но при условии признания духовенством и паствой папского примата. Греческое духовенство Латинской империи обратилось к папе Римскому Иннокентию III с просьбой создать параллельно с латинским патриархатом и греческий патриархат в Константинополе под эгидой папы, но получило отказ. Епископы из латинян вошли в состав высшей иерархии Латинской империи и при распределении земель получали от четырёх до восьми рыцарских феодов, а затем ещё больше расширили свои владения. Положение осложнялось тем, что часть бывших земель византийской Константинопольской православной церкви были присвоены светскими сеньорами. За эти земли шла борьба, и, чтобы сгладить конфликт, император Генрих I уступил духовенству одну пятнадцатую часть земель и доходов Латинской империи вне Константинополя. Нередко конфликты происходили между венецианскими и французскими клириками, между греками и латинянами. Греческое духовенство настаивало на сохранении православных обрядов, отрицало целибат и отказывалось платить десятину, акростих, исполнять ангарии (барщинные повинности в пользу латинских сеньоров), выставлять со своих владений воинов для охраны границ и т.д. Патриарх Томмазо Морозини пытался запрещать богослужение в столице по православному обряду, когда греческие священники отказывались поминать его имя на литургии, конфликтовал с венецианским подеста, оспаривая владение венецианцами чудотворной иконой Божьей Матери «Одигитрия», с французским клиром, присваивал значительные суммы из казны собора Святой Софии. Всё это обостряло религиозную ситуацию и заставляло папу и императора Генриха I вмешиваться, защищая греков и латинских клириков от чрезмерных притязаний патриарха. Папы старались проводить свою политику в Латинской империи также при помощи легатов. Для того чтобы добиться признания греческим духовенством унии, папские легаты проводили в 1204–1214 гг. переговоры и диспуты с греками. Важнейшую роль в переговорах с греческой стороны играл митрополит Эфесский Николай Месарит. После того как в 1208 г. в Никее был избран новый православный Константинопольский патриарх Михаил IV Авториан, не признававший унии и папской юрисдикции, переговоры зашли в тупик, а высокомерное поведение папского легата кардинала Пелагия в 1214 г. только обострило ситуацию. В 1222 г. папским постановлением католическому епископату Латинской империи было разрешено освобождать от наказания латинян за их карательные действия по отношению к греческим клирикам, не оказывавшим должного почтения и повиновения Римско-католической церкви. Постепенно высший клир латинского Константинопольского патриархата был заменён католическими прелатами, но часть епископов и приходское священство оставались преимущественно греческими, хотя были вынуждены признавать власть Римской курии.