В 1206 г. папа Иннокентий III вызвал Стефана Лангтона в Рим и возвёл его в достоинство кардинала-пресвитера с титулярным римским храмом Сан-Кризогоно. О причинах возвышения Стефана Лангтона исследователям достоверно неизвестно. Папа Иннокентий III учился в Париже до середины 1180х гг. и несомненно знал Стефана Лангтона, но встречающиеся в литературе утверждения об их личной дружбе не имеют подтверждений в источниках. Исследователи полагают, что Стефан Лангтон в Риме преподавал в школе, основанной Иннокентием III при базилике Сан-Джованни-ин-Латерано. Согласно другой гипотезе, получение Стефаном Лангтоном достоинства кардинала было частью плана по его возведению на кафедру Кентербери, остававшуюся вакантной после смерти архиепископа Губерта Вальтера (13 июля 1205 г.). Выборы его преемника происходили в обстановке ожесточённого противостояния различных партий, избранные кандидатуры несколько раз отклонялись после апелляций в Рим. В конце 1206 г. прибывшая к Папскому престолу небольшая делегация кентерберийских монахов по прямой рекомендации папы Иннокентия III избрала архиепископом Стефана Лангтона. Его кандидатура вызвала резкое неприятие со стороны английского короля Иоанна Безземельного (1199–1216 гг.). В письме папе Римскому он указывал, что Стефан Лангтон неизвестен в Англии и слишком долго жил во владениях врага – французского короля Филиппа II Августа (1180–1223 гг.). Однако Иннокентий III отказался принять эти возражения и 17 июня 1207 г. совершил в Витербо епископскую хиротонию Стефана Лангтона. В ответ король Иоанн Безземельный запретил Стефану Лангтону въезд в Англию и объявил изменником каждого, кто признавал его архиепископом. Репрессиям подверглась семья Стефана Лангтона: отец был вынужден бежать в Шотландию, где скончался, брат Вальтер, как полагают исследователи, тогда же отправился на континент. Пребывая в изгнании, Стефан Лангтон, как полагают исследователи, стремился подражать своему предшественнику на Кентерберийской кафедре католическому святому Томасу Бекету, которого глубоко почитал. В частности, как и Томас Бекет, Стефан Лангтон некоторое время жил в цистерцианском аббатстве Понтиньи в Бургундии. О деятельности Стефана Лангтона в этот период сохранились лишь отрывочные сведения. В октябре 1209 г. в Мелёне он рукоположил Гуго из Уэлса во епископа Лондонского, в 1210 г. участвовал в улаживании конфликта между горожанами и епископом города Камбре (Северная Франция), в 1211 г. в парижском монастыре Сен-Виктор присутствовал на похоронах влиятельного английского барона Вильгельма де Бриуза, также жившего в изгнании из-за разногласий с английским королём. Около 1210 – 1213 гг. Стефан Лангтон вместе с другим парижским богословом английского происхождения, кардиналом Робером де Курсоном (ум. в 1219 г.), совершил поездку по Фландрии, проповедуя против ростовщичества. Из-за отказа принять Стефана Лангтона папа Иннокентий III наложил на Англию интердикт (24 марта 1208 г.), а затем отлучил от церкви короля Иоанна Безземельного (ноябрь 1209 г.). Осенью 1213 г. английский король, столкнувшись с оппозицией части баронов и опасаясь вторжения в Англию французского короля Филиппа II Августа, которому папа Римский формально передал права на английский престол, пошёл на уступки.