Двенадцать столбов, по шесть на каждой стороне, несут стены центрального нефа базилики, каждый столб фланкируют две коринфские пилястры колоссального размера, поднимающиеся до потолка через ярус окон (клеристорий). Арки между столбами соответствуют ярусу эмпоров (арок) на столбах, которые украшены рельефной скульптурой, так же как промежутки между окнами. Новые арочные проёмы между нефами усиливали впечатление единства внутреннего пространства, а колоссальная высота пилястр – величие его размеров. В нижнем ярусе каждого столба установлены статуи апостолов. Цветовое решение центрального нефа строится на сочетании каменных элементов белого, серого и чёрного цветов, гармонирует с золочёными архитектурными деталями и зелёными колоннами; такие же колонны (по 21) отделяли северный и южный внутренние нефы. По соотношению и градации пространства, ритма, артикуляции цвета, света и тени в центральном и боковых нефах архитектуру Борромини в базилике Латеранского комплекса исследователи считают одним из высочайших достижений римского барокко. В 1730 гг. архитектор Алессандро Мария Гаэтано Галилеи перестроил западный фасад базилики, конструкция и декор которого уже не включали ничего из построек IV и XIII вв. В XVIII–XIX вв. продолжались перестройка некоторых частей базилики и активное украшение её интерьера. Были устроены новые капеллы: в 1732–1735 гг. по проекту А. Галилеи сооружена капелла Сант-Андреа-Корсини, в 1830–1850 гг. по проекту К. Раймонди – капелла Торлония в стиле позднего неоклассицизма. В 1876–1886 гг. была разобрана старая апсида, и возведены современный алтарь и апсида по проекту архитекторов Ф. и Верджинио Веспиньяни. Баптистерий Латеранского комплекса (Сан-Джованни-ин-Фонте) – самая ранняя из сохранившихся самостоятельная постройка, предназначенная для совершения таинства крещения (в настоящее время соединена с базиликой переходом), – основан императором Константином I Великим в непосредственной близости (50 м к северо-западу) от базилики. Точная дата строительства исследователям неизвестна. Он упоминается в «Liber Pontificalis» среди построек, возведённых в период епископата Сильвестра I (314–335 гг.), предположительно представлял собой центрическое сооружение и имел круглый план. Фундамент ротондального здания (диаметр 19,20 м, толщина стен 1,7 м) обнаружен во время археологических раскопок 1920–1960 гг. Для украшения крещальни из египетских каменоломен были доставлены порфировые колонны (ныне служат опорами кивория), изготовлены несколько золотых и серебряных статуй. Скульптурные изображения Агнца Божия, Иисуса Христа и святого Иоанна Крестителя в человеческий рост, а также семь оленей, служивших водомётами, располагались по краю крещального бассейна (купели). Октагональный план существующего здания, относится, как полагают исследователи, ко времени перестройки баптистерия при папе Римском Сиксте III (432–440 гг.). С юго-восточной стороны баптистерию предшествует прямоугольный нартекс (притвор) с двумя полуциркульными нишами с восточной и западной сторон, также времени Сикста III. Их конхи украшали мозаики V в. Декор восточной сохранился, а западной утрачен в 1757 г., но поддаётся реконструкции по описаниям (Онофрио Панвинио, около 1560 г.; Ланфери, 1540 г.) и графическим зарисовкам (А. Джаконио, конца XVI в.).