В 896 г. храм был сильно повреждён при землетрясении, восстановлен в 904–911 гг., при папе Сергии III (904–911 гг.). Выход в глубине левого нефа базилики ведёт в её внутренний двор (клуатр) – самый обширный в Риме (36х36 м), окружённый мраморными сдвоенными колоннами различной формы. Сооружён в 1222–1232 гг. мастерами римской семьи каменщиков Вассаллетто. Авторы не использовали элементы античных зданий, а создали убранство (колонны, капители, карнизы, интарсии) по собственному проекту, вдохновляясь античными образцами, трансформированными во вкусе готики (например, капители с изображениями фантастических зверей). Во дворе находятся скульптурные, мозаичные и архитектурные фрагменты старой базилики, археологические материалы, надгробные плиты и мемориальные надписи (в том числе статуя императора Константина IV в.). От скульптурного убранства второй половины XIII в. в базилике и её внутреннем дворе сохранились надгробия кардиналов и папского нотариуса Риккардо Аннибальди (ум. в 1289 г.), которое приписывается скульптору Арнольфо ди Камбио. Оно состоит из двух частей (статуи усопшего и фриза с изображением кортежа) и послужило прототипом многих римских надгробий периода готики. На ближайшей от входа в базилику правой пилястре размещён фрагмент фрески «Бонифаций VIII объявляет Юбилейный год» (около 1297 г.), приписываемой Джотто. Первоначально роспись располагалась в Лоджии Благословения и при её перестройке в XV в. была перенесена каноником базилики Фульвио Орсини во внутренний двор, в 1786 г. – в интерьер базилики. Несколько стихийных бедствий (пожары 1308, 1361 гг.), постигших храм в XIV в., совпали с «Авиньонским пленением пап», во время которого убранству базилики уделялось мало внимания. После пожара 1361 г. папа Урбан V (1362–1370 гг.) поручил восстановление храма сиенскому архитектору Джованни ди Стефано, от работы которого сохранился монументальный киворий над главным алтарём (1367–1370 гг.). Многочисленные ремонты и переделки XV–XVI вв. включали создание в 1421–1425 гг. мастерами семьи Космати мраморного пола и незавершённой росписи правого нефа Джентиле да Фабриано и Пизанелло (около 1421 г.), которая известна по рисунку Франческо Борромини. В 1586 г. по проекту Доменико Фонтаны был сооружён новый фасад северного трансепта с просторным портиком и Лоджией Благословения. О внешнем облике базилики Латеранского комплекса XIV–XVI вв. и деталях её архитектуры исследователи судят по воспроизведениям в памятниках монументальной живописи, по рисункам, планам и картам. В XVII в. базилику дважды основательно перестраивали: при папе Клименте VIII (1592–1605 гг.) по проекту архитектора Джакомо делла Порта и при Иннокентии X (1644–1655 гг.) по проекту архитетора Борромини. В результате этих перестроек базилика обрела современный вид. Интерьер до его реконструкции, предпринятой Борромини в 1646–1650 гг., запечатлён на фреске художника Филиппо Гальярди (около 1640 – 1650 гг.) в римской церкви Сан-Мартино-аи-Монти, а также на рисунках самого архитектора (хранятся в музее Альбертина, Вена). Борромини оставил прежний план пятинефной базилики, внешние и внутренние стены её центрального и боковых нефов, но изменил форму устоев и их декор.