На первой сессии под председательством папы Римского Юлия II, которая открылась 10 мая 1512 г., обсуждали задачи пятого Латеранского собора: положить конец расколу в Римской курии, начать преобразования в католической церкви, установить мир среди христианских государей и организовать борьбу с турками. Были назначены должностные лица (нотариусы, юристы и др.), обеспечивавшие работу Собора. Несколько первых сессий были посвящены рассмотрению деятельности Пизанского собора. На второй сессии (17 мая) с речью выступил генеральный магистр Ордена доминиканцев Фома Каэтан. Он назвал папскую власть единственной законной властью в церкви, представляющей на земле небесную власть Иисуса Христа, и заявил о нелегитимности любого Собора, созванного без воли папы Римского. На этой же сессии было зачитано сообщение о союзе папы с английским королём Генрихом VIII Тюдором. На третьей сессии (3 декабря) Маттеус Ланг фон Велленбург, епископ Гурка, от имени императора объявил об осуждении всех постановлений Турского и Пизанского соборов. Папа наложил интердикт на Французское королевство (за исключением сохранявшего автономию герцогства Бретань) и, в частности, предписал перенести важнейшую финансовую ярмарку из Лиона, куда переместились участники Пизанского собора, в Женеву. На четвёртой сессии (10 декабря) обсуждались меры, направленные против Буржской Прагматической санкции: Собору было зачитано адресованное папе Римскому Пию II (1458–1464 гг.) письмо французского короля Людовика XI от 27 ноября 1461 г. об отмене санкции. Пятый Латеранский собор призвал всех сторонников Прагматической санкции явиться для отчёта в течение 60 дней. Пятая сессия пятого Латеранского собора (16 февраля 1513 г.) проходила во время тяжёлой болезни папы Римского Юлия II, который, однако, отправил Собору письмо о необходимости создать комиссии для подготовки преобразований в церкви и для отмены Прагматической санкции. Исследователи полагают, что в предчувствии близкой кончины папа предложил пятому Латеранскому собору повторно принять направленную против симонии буллу «Cum tam divino», уже обнародованную в январе 1505 г. Декретом «Si summus rerum opifex» папские выборы, если они сопровождались подкупом, объявлялись недействительными, а виновные должны были подвергнуться отлучению от церкви. На шестой сессии (27 апреля 1513 г.) председательствовал уже новый папа Лев Х. На этом заседании епископ Модруша (современная Хорватия) произнёс речь о необходимости противостоять туркам. Была утверждена булла о предоставлении охранной грамоты всем, кто направляются на пятый Латеранский собор (французские прелаты в оправдание неявки ссылались на то, что некоторые местные правители не пропускали их в Рим). К началу седьмой сессии (17 июня 1513 г.) двое из участвовавших в работе Пизанского собора кардинала (Бернардино Лопес де Карвахаль-и-Санде и Федерико ди Сансеверино) объявили об отречении от схизмы. В облачении простых священников они публично покаялись и изъявили покорность принять любое решение; им было возвращено кардинальское достоинство, но не прежние титулы. К этому времени французский король Людовик XII, чья армия потерпела тяжёлое поражение от швейцарской пехоты в битве при Новаре (6 июня 1513 г.), был вынужден осудить церковную схизму, причиной которой послужил созыв Собора в Пизе, и признать решения пятого Латеранского собора.