Монастыри искали защиты у Лжедмитрия II, и тот готов был такую защиту оказать. Так, 29 ноября 1608 г. в ответ на жалобы обителей в Переславле-Залесском Лжедмитрий II предписывал, чтобы гетман Ян Сапега с монастырских владений «кормов своих и конских имати не велел... в загон в их вотчины... въезжати не велел» («Русский архив». 2012 г.). Аналогичная грамота касалась владений Евфимиева суздальского в честь Преображения Господня монастыря («Русский архив». 2012 г.). Однако и сами наёмники, и их предводители не хотели считаться с такими распоряжениями. Характерно, что когда Лжедмитрий II выделил Марине Мнишек Александрову слободу и другие земли, то «рыцарство» не проявило никакого желания отказаться от доходов с этих земель («Русский архив». 2012 г.). Сборами и грабежами дело не ограничилось. Так, «слуги» переславль-залесских обителей должны были участвовать в осаде Троице-Сергиева монастыря («Русский архив». 2012 г.). С самого начала на землях, занятых войсками Лжедмитрия II, многие крупные обители отказались подчиняться его власти. В их числе был Троице-Сергиев монастырь, который гетманам Лжедмитрия II не удалось взять, несмотря на все усилия. Осада Иосифова Волоколамского (Волоцкого) в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря продолжалась с августа 1608 г. по октябрь 1609 г. В грамоте Василия Ивановича Шуйского, отправленной в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь 18 августа 1609 г., отмечалось, что из монастыря «по городом о крепленье писали и многие места укрепляли» («Акты археологической экспедиции», том 2). Тяготы, которые под властью Лжедмитрия II испытывало православное духовенство центра России, не в меньшей, а, вероятно, и в большей степени несли и другие слои общества, в том числе и хотевшие делать карьеру при Лжедмитрии II дети боярские: они теряли возможность пользоваться доходами от своих владений; не могли они располагать и пожалованиями самозванца, т.к. в соответствующих владениях распоряжались офицеры наёмного войска. Неудивительно, что уже в конце 1608 г. в северной части Замосковного края началось стихийное восстание против Лжедмитрия II и его войска. До выступления против тушинцев войск правительства Василия Ивановича Шуйского восстали Галич, Тотьма, Кострома, Вологда, затем к ним присоединились Муром, Романов, Ярославль, Углич и другие города. В движении приняли участие представители разных слоёв населения. В конце 1608 – начале 1609 гг. начались карательные походы тушинцев против восставших. Однако прочно утвердить свою власть на этих землях Лжедмитрию II не удалось. В первые месяцы 1609 г. здесь постоянно вспыхивали мятежи. Одним из главных центров сопротивления весной 1609 г. стал Ярославль; важным узлом обороны был Спасский монастырь: тушинцы, разорившие ярославский посад, так и не смогли захватить обитель. Значительными особенностями отличалось положение во Пскове. Здесь не было наёмного войска Лжедмитрия II, и следовательно, не действовали те факторы, которые побуждали население центра России выступать против самозванца.