Таким образом, Филарет (Романов) как «наречённый патриарх» распоряжался на землях Патриаршей области, оказавшихся под властью Лжедмитрия II. Как и Филарет (Романов), был взят в плен войсками Лжедмитрия II Коломенский епископ Иосиф, но воеводам Василия Ивановича Шуйского удалось его освободить. Исследователи полагают, что в качестве пленника находился в Тушине Тверской архиепископ Феоктист (он был убит при попытке к бегству). В этих чрезвычайных обстоятельствах опустевшие епископские кафедры оставались незанятыми. Однако не всегда. 24 августа 1608 г. умер Псковский архиепископ Геннадий. В грамоте Лжедмитрия II псковичам от октября 1610 г. упоминается Псковский архиепископ Иосиф, который должен был огласить его грамоту (Архив истории России, том 2). Т.к. вскоре после смерти патриарха Геннадия Псков перестал подчиняться Василию Ивановичу Шуйскому и держался Лжедмитрия II до самой его смерти, то для исследователей очевидно, что Иосиф был поставлен на кафедру «наречённым» патриархом Филаретом (Романовым). Часть православного духовенства (достаточно многочисленная), которая на землях исторического центра государства подчинилась власти Лжедмитрия II, стремилась получить от монарха гарантии сохранения своего имущества и владений. Чтобы добиться этих целей, власти обителей направляли в Тушино посольства с подарками. Так поступили в октябре 1608 г. власти костромского Ипатиевского во имя Святой Троицы и ярославского в честь Преображения Господня монастырей («Русский архив». 2012 г.). Исследователи полагают, что в некоторых случаях удавалось добиться получения гарантий. Так, в челобитной властей ярославского Спасского монастыря от января 1609 г. упоминается о наличии в монастыре жалованной грамоты, «что в монастырскую в спасскую вотчину литовским и русским всяким людем не въезжати и кормов никоторых не имати» («Русский архив». 2012 г.). В грамотах, оформлявших подчинение населения отдельных территорий власти Лжедмитрия II, содержались обещания различных благ. Духовенству, в частности, самозванец обещал выдать «тарханные грамоты, что с вас наших царских податей никоторых имати не велим» («Русский архив». 2012 г., грамота в Суздаль). Действительность оказалась существенно иной. Церковные земли (как и другие владения) должны были не только выплачивать высокие налоги, но и отдавать большое количество «столовых и конских кормов» на содержание войска. Уже это создавало для них немалые затруднения, особенно когда кормы сопровождались постоем в обители крупных военных отрядов, как это было в ростовском Борисоглебском на Устье монастыре, когда служившие Лжедмитрию II романовские татары поселились в кельях, выгнав оттуда монахов («Русский архив». 2012 г.). Бедствия усугублялись грабежами, которые чинили отряды «загонных людей» – присоединившихся к армии Лжедмитрия II ради наживы казаков, «пахолки» – слуги польских наёмников. Их посылали для сбора продовольствия, и они стремились обогатиться на свой страх и риск. Эти люди не останавливались перед ограблением храмов. В конце 1609 г. духовенство Юрьева-Польского писало в челобитной: «Церкви Божии разорены, Божие милосердие, образы, ободраны и переколоты» («Русский архив». 2012 г.), ср. в другом документе: «Образы колупают и оклады и кузнь снимают» («Акты археологической экспедиции», том 2).