Призыв Жана Батиста Анри Лакордера к католическим священникам отказаться от государственной зарплаты вызвал недовольство у французского епископата, но, несмотря на требования о закрытии газеты «L'Avenir», Жан Батист Анри Лакордер и Ф.Р. де Ламенне выиграли судебный процесс, добившись возможности издавать газету (январь 1831 г.). Бесплатную школу, основанную Жаном Батистом Анри Лакордером, Ф.Р. де Ламенне и Ш. Монталамбером в мае 1831 г. в Париже на принципах свободы образования, вскоре пришлось закрыть по требованию властей. Длительный процесс в палате пэров, касавшийся деятельности школы и выпуска газеты, был ими проигран, и в ноябре 1831 г. издание газеты было приостановлено. В конце декабря того же года Жан Батист Анри Лакордер, Ф.Р. де Ламенне и Ш. Монталамбер отправились в «паломничество свободы» в Рим, где надеялись получить поддержку папы Римского Григория XVI (1831–1846 гг.). Однако в папской курии они не нашли понимания, а идеи религиозного либерализма, особенно идея свободы совести, были осуждены папой Григорием XVI энцикликой «Mirari vos» от 15 августа 1832 г. В отличие от Ф.Р. де Ламенне, который продолжил отстаивать позиции религиозного либерализма, Жан Батист Анри Лакордер 11 сентября того же года опубликовал письмо, где заявил о своём подчинении Папскому престолу. После возвращения в Париж Жан Батист Анри Лакордер сблизился с русской графиней Софьей Петровной Свечиной, которая обратилась в католичество и открыла в Париже интеллектуальный салон. В январе 1834 г. Жан Батист Анри Лакордер был приглашён в коллеж Станислас для чтения лекций; основными темами были свобода христианина и необходимость предоставления гражданских прав и свобод. Из-за обвинений Жана Батиста Анри Лакордера в либерализме его лекции были прекращены, он был вынужден заявить о расхождении его взглядов со взглядами Ф.Р. де Ламенне: книга Ф.Р. де Ламенне «Слова верующего» («Paroles d'un croyant») была осуждена папой Григорием XVI (энциклика «Singulari nos» от 25 июня 1834 г.). Жан Батист Анри Лакордер в знак окончательного разрыва отношений с ним выпустил сочинение «Considérations sur le système philosophique de M. de La Mennais» («Рассмотрение философской системы де Ламенне»), в котором писал об обязанности католика подчиняться Папскому престолу. Парижский архиепископ Я.Л. Келен поручил Жану Батисту Анри Лакордеру прочитать серию проповедей в соборе Нотр-Дам во время Великого поста 1835 г. Первое выступление состоялось 8 марта и получило широкую известность. В нём приёмы гомилетики удачно сочетались со стилем, заимствованным из романтических произведений. Тем не менее, его проповеди подверглись критике за богословскую слабость, и после Великого поста 1836 г., когда он вновь проповедовал в Нотр-Даме, Жан Батист Анри Лакордер отправился в Рим, чтобы прослушать курс теологии в Григорианском университете.