В феврале-марте 863 г. Гинкмар Реймсский упоминал, что его противники, объединившиеся вокруг епископа Ротада Суасонского, доказывали, что право смещать епископов принадлежит только папе Римскому, обосновывая это цитатами из декреталий Римских пап Юлия I, Виктора I и других древних понтификов, т.е. из «Лжеисидоровых декреталий». Смещение епископа Гинкмара Ланского (871 г.) и осторожная позиция папы Римского Николая I показывают, что «Лжеисидоровы декреталии» первоначально не получили признания, хотя интерес к ним неуклонно возрастал. Исследователям известно не меньше 30 полных списков и фрагментов «Лжеисидорова собрания», созданных до 900 г. О «Лжеисидоровых декреталиях» упоминается в некоторых папских посланиях IX–X вв., но инициатива, скорее всего, как полагают исследователи, принадлежала тем, кто обращался за разъяснениями к Папскому престолу. В приложении к речи об аннулировании брака короля Лотаря II (855–869 гг.) и об отлучении низложенных епископов Гунтара Кёльнского (850–863 гг.) и Захарии из Ананьи (860–863 гг.), произнесённой неизвестным лицом в июле 869 г. в Риме или Монте-Кассино, приведены 38 выдержек из «Лжеисидоровых декреталий». В послании папы Римского Иоанна VIII архиепископу Виллиберту Кёльнскому (873 г.) со ссылкой на подложную декреталию папы Анаклета говорится о примасах-патриархах. Во второй половине IX в. «Лжеисидоровы декреталии» получили распространение в Северной Италии. Так, около 880 г. Леодоин, епископ Модены, указывал Теодориху, аббату Нонантолы, на пределы монастырского иммунитета, ссылаясь на «Лжеисидоровы декреталии». В 880 или 890 гг. обширные выдержки из «Лжеисидоровых декреталий» были включены в канонический свод «Собрание, посвящённое Ансельму» («Collectio Anselmo dedicata»), созданный в Милане. В Англии широкое распространение «Лжеисидоровых декреталий» было связано с деятельностью Кентерберийского архиепископа Ланфранка, хотя декреталии были известны и до середины XI в. Широкую рецепцию «Лжеисидоровых декреталий» в каноническом праве исследователи относят к эпохе григорианской реформы. В посланиях папы Льва IX (1049–1054 гг.) содержатся ссылки как на подложные декреталии, так и на предание о «Константиновом даре». Фрагменты декреталий были включены в канонические своды, составленные сторонниками реформы, – «Собрание в 64 титулах», «Капитулярий» кардинала Аттона Миланского, в сборник кардинала Деусдедита, «Трёхчастный свод» епископа Иво Шартрского. Многие нормы, происходившие из «Лжеисидоровых декреталий», были внесены в «Декрет» Грациана. В «Декрете» приведено также постановление папы Николая II (1059–1061 гг.) об обязательном исполнении распоряжений понтификов даже в том случае, если декреталии с этими распоряжениями не были в составе авторитетных канонических сборников («decretales epistolae Romanorum Pontificum sunt recipiendae, etiamsi non sint codici canonum compaginatae»). Таким образом, было устранено препятствие для рецепции «Лжеисидоровых декреталий». В XII в. сомнения в подлинности отдельных текстов высказывали канонисты Пётр Коместор, Готфрид из Витербо и Стефан из Турне, а подложность всего корпуса декреталий была доказана в XVI в. авторами «Магдебургских центурий» и Дэвидом Блонделем. Однако к этому времени нормы, заимствованные из «Лжеисидоровых декреталий», составляли часть канонического права Римско-католической церкви. Они оказали влияние на правила, связанные с назначением епископов, управлением диоцезами, полномочиями митрополитов, а также на процедурное право церкви и т.п. Под влиянием «Лжеисидоровых декреталий» возник институт примасов, который получил широкое распространение в эпоху григорианской реформы. Этот институт имел особое значение в странах, где раньше не существовало развитой церковной организации, например, в Польше и Венгрии (в настоящее время титулы примаса и патриарха не предполагают наличия особых полномочий). Нормы, восходящие к «Лжеисидоровым декреталиям», есть и в действующем «Кодексе канонического права» (см. «Codex iuris canonici»), например, необходимость получить разрешение Папского престола для созыва пленарного и провинциального Собора.