Хотя Анри Леклерк до конца жизни был очень религиозен и негативно отзывался о либеральной теологии и новых критических методах, в 1918 г. против него были выдвинуты обвинения в том, что он вольнодумец и подрывает основы веры. Некий священник из Санса, прочитав статью в «Dictionnaire d'archéologie chrétienne et de liturgue» о святых Потенциане и Савиниане, пожаловался епископу Шартра А. Л. Буке (ум. в 1926 г.), что автор статьи, сомневающийся в подлинности житийной традиции, низводит литургические книги до уровня «фантазии, анекдота и шутки». После жалобы епископа в Рим Анри Леклерку как автору статьи и попустительствовавшему её публикации Ф.М. Кабролю было вынесено строгое предупреждение, чтобы они впредь не смущали верных, не нарушали церковный мир и не покушались на древнюю традицию почитания. Работая над томами о мучениках периода Французской революции, Анри Леклерк углубился в новую, но, как полагают исследователи, интересовавшую его с юности тему истории французского абсолютизма. Написанная им 11-томная «История заката и падения французской монархии» (выходила с 1921 по 1940 гг.) была удостоена наград Французской академии (в частности, премии Адольфа Тьера в 1922 г. и большой премии барона Наполеона Гобера в 1930 г.), в 1935 г. Анри Леклерк был награждён крестом Почётного легиона за патриотизм. В 1922 г. новый аббат Солема Жермен Козьен, при котором произошло возвращение общины в материнскую обитель, решив, как полагают исследователи, восстановить дисциплину, в числе прочего обратил внимание на образ жизни Анри Леклерка, который много лет нарушал один из главных принципов Устава Бенедикта – постоянное пребывание в обители. В результате в 1924 г. Анри Леклерк покинул Солемскую конгрегацию и был принят в клир Вестминстерского диоцеза архиепископом кардиналом Фрэнсисом Альфонсом Борном (1861–1935 гг.). Однако чтобы сохранить принадлежность Анри Леклерка к бенедиктинскому Ордену и титул учёного-монаха «Dom», его приписали в качестве облата к солемскому приорату (с 1925 г. – аббатству) Сент-Мари-де-Пари. Лишившись поддержки со стороны аббатства Фарнборо, Анри Леклерк смог продолжать научную деятельность только благодаря тому, что находился на полном пансионе у конгрегации Сёстры Сиона. После смерти Ф.М. Каброля в 1937 г. Анри Леклерк взял на себя подготовку очередных томов «Dictionnaire d'archéologie chrétienne et de liturgue» (выпустил полностью тринадцатый том и первую часть четырнадцатого тома). В связи с началом Второй мировой войны работа над энциклопедией замедлилась (после смерти Анри Леклерка издание завершил Анри-Ирене Марру). В последние годы Анри Леклерк работал над биографией Жана Мабильона, которая стала развитием его статьи для «Dictionnaire d'archéologie chrétienne et de liturgue». Книга была издана посмертно и считается одной из наиболее полных биографий учёного.