Анри Любак предпринял попытку уточнить представления о духовно-иносказательной методологии библейского толкования. По умолчанию признаётся, что аллегоризм, как и всякая иносказательность, устраняет прямой, буквальный или исторический смысл. Однако на примере экзегетического наследия Оригена Анри Любак показывает несостоятельность такого понимания. Напротив, суть духовного толкования заключается в постижении в «материальном», т.е. первом, буквальном смысле его умопостигаемой глубины, насыщенной богооткровенным значением. Библейское повествование на уровне слова и библейская история как событие суть «тайна божественного Воплощения». Поэтому важнейшей духовной задачей церковного богословия становится постижение этой тайны. В книге «Средневековая экзегеза» Анри Любак продолжает историческое исследование того же предмета на обширном материале латинской средневековой традиции. Иносказательное (или духовное) толкование разворачивается в сложную четырёхуровневую систему смыслов и герменевтических кодов – исторический, аллегорический, тропологический и анагогический. Согласие Заветов служит осевой доминантой для постижения богодухновенного смысла Писания. Анри Любак определяет его так: «Новый Завет представляет собою духовный смысл Ветхого Завета». В исследованиях патристической и средневековой экзегезы Анри Любак ставил перед собой две тактические задачи: выяснить истинную природу иносказательности библейских толкований; показать богатый потенциал экзегетической традиции христианства для современной науки и духовности. За ними исследователи угадывают стратегические цели: 1) войти в дискуссию о философии и богословии истории; 2) возобновить метод духовного толкования Писания; 3) выяснить условия для работы догматической мысли и духовного опыта в рамках научной экзегезы. Анри Любак характеризует магистральную линию развития библейского комментария как «символическую [библейскую] историю», или «исторический символизм», в котором все элементы семантической структуры сохраняют свою ценность. В его понимании древняя экзегеза содержит богатые синтетические потенции для церковного знания и служения; она «реализует диалектику прошлого и будущего, устанавливает отношения между исторической и духовной реальностью, между обществом и индивидом, временем и вечностью и содержит в себе всецело богословие истории в связи с богословием Писания… Она представляет собою некий каркас христианской письменности и искусства». В книге «Драма атеистического гуманизма», выдержавшей семь прижизненных изданий, Анри Любак исследует истоки мировых катастроф XX в., подвергая анализу с богословских позиций философские построения Людвига Фейербаха, Карла Маркса, Фридриха Ницше, Огюста Конта и др. Анри Любак выводит основные типы атеистического гуманизма: социальный и политический, экзистенциальный и индивидуалистический. Будучи весьма различными по своим идеям, эти системы едины в своём корне – отрицании христианства и отвержении Бога. Анри Любак показывает, что и последствия их сходны: они приводят к крушению человеческой личности и распаду общества. Так, атеистический гуманизм оборачивается антигуманизмом.