Несмотря на строгость церковной цензуры, в эти годы Анри Любак сумел опубликовать книгу «Мысли о Церкви» («Méditation sur l'Église». Париж, 1953 г.; русский перевод: «Мысли о Церкви». М.; Милан, 1994 г.), имевшую большой успех. Однако на протяжении десяти лет его работы на богословские темы почти не публиковали. В годы опалы Анри Любак интенсивно занимался исследованиями в области древнего и средневекового богословия. Так появились две значительные книги: монография «История и дух: Понимание Писания у Оригена» («Histoire et Ésprit: L'intelligence de l'Écriture d'après Origène». Париж, 1950 г.), посвящённая экзегезе у Оригена и выдержанная в апологетическом ключе по отношению к этому спорному христианскому автору, и объёмное исследование «Средневековая экзегеза: Четыре смысла Писания» («Exégèse médiévale: Les quatres sens de l'Écriture». Париж, 1959–1963 гг., два тома), оценённое, в частности Полем Рикёром, как важное событие в современной герменевтике. К этим публикациям исследователи относят и книгу «Писание в Предании» («L'Écriture dans la Tradition». Париж, 1966 г.). В 1960 г. папа Иоанн XXIII реабилитировал Анри Любака, назначив его консультантом комиссии по подготовке второго Ватиканского собора. Анри Любак получил разрешение продолжить преподавание в Фурвьере. Однако в последовавшие годы он должен был отстаивать правоту своих взглядов, а также выступать в защиту идей старшего друга и собрата по Ордену Пьера Тейяра де Шардена во избежание осуждения его взглядов. Анри Любак посвятил ему книги: «Религиозная мысль отца Тейяра де Шардена» («La Pensée religieuse du père Teilhard de Chardin». Париж, 1962 г.); «Молитва отца Тейяра де Шардена» («La Prière du père Teilhard de Chardin». Париж, 1964 г.); «Тейяр, миссионер и апологет» («Teilhard, missionnaire et apologist». Toulouse, 1966 г.). Анри Любак не считал себя учеником или последователем Пьера Тейяра де Шардена, но и не видел разногласий с ним, поэтому взял на себя задачу «восстановления исторической правды» в отношении этого необычного мыслителя и выдающегося учёного. Анри Любак отстаивал его церковность, последовательный христианский персонализм, исследовательский и апологетический потенциал. На втором Ватиканском соборе Анри Любак был одним из экспертов (peritus) в комиссии по вероучению, принял участие в создании наиболее важных постановлений, несмотря на то что во время работы Собора перенёс несколько хирургических операций (иногда его называют «вдохновителем Собора»). Как отмечают исследователи, точно отследить роль Анри Любака в составлении соборных документов сложно, однако его влияние было значительным. Он был одним из самых цитируемых богословов (15 цитирований) наряду с Ивом Конгаром (35 цитирований) и Карлом Ранером (12 цитирований). В догматической конституции о церкви «lumen gentium» использованы некоторые выражения из «Мыслей о Церкви»; в составлении догматической конституции о Божественном Откровении «Dei Vernum» он принял непосредственное участие. Анри Любак считал, что на этих документах основывается соборная программа «Aggiornamento», состоящая из двух «обращений»: 1) к изначальному центру («recentrement») – Христу, «укоренение» («enracinement») в Нём; 2) к миру, распространение благовестия.