В послевоенные годы увидела свет книга «Прудон и христианство» («Proudhon et le christianisme». Париж, 1945 г.), в которой Анри Любак продолжил изучение природы европейского гуманизма, в данном случае гуманизма теистического, хотя и антиклерикального. Известный своим критицизмом мыслитель и общественный деятель Пьер Жозеф Прудон заинтересовал Анри Любака, прежде всего, как человек XIX в., обладавший чувством трансцендентного, всю жизнь посвятивший поиску Бога и борьбе с религией в том виде, в каком её преподносили официальные богословы; как один из великих моралистов, представляющий собой тип «социального антитеиста», который в отличие от радикально настроенных Карла Маркса, Людвига Фейербаха, Фридриха Ницше не пришёл к выводу о несуществовании Бога. В 1940 гг. были созданы также монографии «О познании Бога» («De la connaissance de Dieu». Париж, 1941 г.), «Богословское обоснование миссии» («Le Fondement théologique des missions». Париж, 1946 г.), «Парадоксы» («Paradoxes». Париж, 1946 г.) и «Сверхприродное: Исторические исследования» («Surnaturel: Études historiques». Париж, 1946 г.). В 1940–1942 гг. вместе с Жаном Даниелу Анри Любак принял участие в основании издательской серии патристических памятников «Христианские источники» («Sources chrétiennes»), подготовил к публикации в ней ряд текстов Оригена; сотрудничал также с издателями серии «Исследования религиозного знания» («Recherches de science religieuse»), в 1947–1950 гг. – её главный редактор. Книга «Сверхприродное...» стала важнейшей работой Анри Любака, вызвавшей широкую и острую дискуссию в церковных кругах в связи с движением, получившим среди консервативных оппонентов (Режиналь Гарригу-Лагранж, Мари-Мишель Лабурдетт, М.Ж. Никола и др.) уничижительное название «новое богословие» («nouvelle théologie»). Его принципы и главные идеи были осуждены в энциклике папы Пия XII «Humani generis» (1950 г.). Исследователи находят примечательным, что в качестве выражения верного взгляда на проблему природы и сверхприродного в энциклике приводится скрытая цитата из текста самого Анри Любака. В книге Анри Любак анализирует соотношение философии и богословия, развитие познавательных ресурсов человека и восприятия сверхприродного Откровения. Основным методом, как и в большинстве других текстов Анри Любака, стало историческое исследование, построенное на материале патристики и схоластики. Продолжению, уточнению и развитию темы сверхприродного Анри Любак посвятил ряд последующих трудов: «Тайна сверхприродного» («Le Mystère du surnaturel». Париж, 1965 г.), «Августинизм и современное богословие» («Augustinisme et théologie moderne». Париж, 1965 г.), «Малый катехизис о природе и благодати» («Petite catéchèse sur nature et grâce». Париж, 1980 г.). В результате папского осуждения против Анри Любака, Жана Даниелу, Анри Буйара, Ива Конгара, Мари-Доминика Шеню и др. были выдвинуты тяжёлые обвинения в заблуждениях по вероучительным вопросам, они были отстранены от преподавания в католических образовательных учреждениях, их книги изъяли из библиотек и продажи. Попытки оправдаться не удались. Анри Любак был вынужден переехать в Париж, где погрузился в уединённые научные изыскания, что, впрочем, не помешало ему с 1951 г. стать советником архиепископа Лиона. Вскоре последовало и академическое признание – избрание членом Института Франции (1958 г.).