Спустя некоторое время монахи Новой Лавры подчинились преподобному Савве и признали авторитет игумена Иоанна, назначенного преподобным Саввой. К 516 г. относятся первые упоминания о монахах-оригенистах среди братии Новой Лавры, которые были изгнаны из монастыря, затем вернулись (около 521 г.) и пребывали в лавре вплоть до 554 г., когда все оригенисты были высланы из Палестины. В отличие от оригенистов Фирминской лавры монахи Новой Лавры составляли группу так называемых исохристов. После их изгнания в Новую Лавру переселились 120 православных монахов (в том числе Кирилл Скифопольский), духовное руководство над ними принял на себя преподобный Иоанн Схоларий. Новая Лавра располагалась на руинах монастыря, основанного в 454 г. монофизитским монахом Романом (разрушен в 484 г.). По мнению Ицхара Хиршфельда, топографическая структура Новой Лавры отчасти способствовала возникновению в монашеской среде споров по поводу образа жизни лавриотов, которые и привели к отделению группы монахов от общины преподобного Саввы Освященного. И. Хиршфельд считает, что главной причиной отделения монахов Новой Лавры стал протест против активной строительной деятельности преподобного Саввы. Здания в Новой Лавре были небольшими и скромными, тогда как строительные проекты преподобного Саввы превратили Великую Лавру в обширный монастырский комплекс, что якобы вызывало недовольство части монахов. Однако гипотеза И. Хиршфельда, по мнению исследователей, полностью игнорирует причины доктринального характера (оригенизм монахов Новой Лавры) и не учитывает хронологию событий, представленную в сочинениях Кирилла Скифопольского. Согласно «Житию преподобного Саввы», было два восстания монахов Новой Лавры: первое произошло в 490 г., ещё до начала интенсивных строительных работ в Великой Лавре, до основания киновии Кастеллион (492 г.) и Малой киновии (493 г.); второе – в 503–506 гг. Обширность комплекса Великой Лавры была, скорее, исключением, связанным с её особым статусом административного центра. Строения другой лавры савваитской традиции, в частности, Семиустной лавры и лавры диакона Иеремии, были довольно скромными. Вопреки мнению И. Хиршфельда протест Иеремии против преподобного Саввы в 531 г. не был связан со стремлением к более простой и скромной жизни, а, скорее, был мотивирован желанием Иеремии получить большую долю пожертвований, выделенных преподобному Савве императором Юстинианом I для строительства новых монастырей. Различия в структуре лавры могли возникнуть в силу разных причин (топография местности, устав молитвы и др.), но, в основном, эти различия обуславливались наличием или отсутствием материальных и финансовых ресурсов. Не имеет достаточных оснований предположение о том, что в центре споров в монашеской среде Палестины в VI в. лежит противостояние нестяжательных монахов-оригенистов и более прагматичных савваитов. Преподобный Савва изображается в источниках как строгий аскет, запрещающий монахам принимать священство и участвовать в общественной церковной деятельности. С другой стороны, некоторые монастыри оригенистов, например, киновия св. Мартирия, в архитектурном отношении не отличались скромностью, а их лидеры (Домициан, Феодор Аскида, Леонтий Византийский и др.) были вовлечены в церковно-политическую жизнь Константинополя.