В трёх рукописях сохранилась неполная биография папы Стефана V (VI; 885–891 гг.), в которой описываются события 885–886 гг. Текст содержит лакуны и обрывается на середине фразы. В изданиях Л. Дюшена и Т. Моммзена учтено не менее 70 рукописей «Liber Pontificalis», которые исследователи распределили по трём «классам». Несмотря на то что Л. Дюшен и Т. Моммзен работали независимо друг от друга, их наблюдения относительно рукописной традиции «Liber Pontificalis», в основном, совпадают. Древнейшая известная рукопись «Liber Pontificalis» была создана в 690 гг. в аббатстве Боббио; от неё сохранились восемь сильно повреждённых листов, текст обрывается на биографии Анастасия II. Лучшей рукописью «Liber Pontificalis» Л. Дюшен и Т. Моммзен считали манускрипт, созданный на рубеже VIII и IX вв. в Лукке; он включает биографии Римских пап до Константина (708–715 гг.), на вставных листах почерком IX в. добавлены жизнеописания более поздних понтификов до Адриана I (772–795 гг.). В рукописи из Лукки представлен текст «Liber Pontificalis» «класса А», который, как полагали исследователи, точнее всего воспроизводит авторскую версию. Поэтому Л. Дюшен и Т. Моммзен положили этот текст в основу подготовленных ими изданий памятника. Исследователи отмечают, что состав рукописей «Liber Pontificalis» неодинаков, т.к. сборник регулярно дополнялся новыми биографиями. Поэтому основная часть «Liber Pontificalis» (жизнеописания понтификов I–VI вв.) содержится во всех манускриптах, а рукописей, в которые включены папские биографии IX в., намного меньше. Согласно Ф. Бугару, самая распространённая версия «Liber Pontificalis» завершалась жизнеописанием папы Стефана II (III; 752–757); она содержится в половине рукописей сборника, созданных в VIII–IX вв. Биографии Николая I и Адриана II сохранились всего лишь в четырёх манускриптах. Первоначально «Liber Pontificalis» не имела названия. В ранних рукописях сборник именовался «Книга епископов» или «Епископская книга» («Liber episcopalis»; «Episcopale»), иногда – «Епископская книга, в которой содержатся деяния блаженных понтификов города Рима». Начиная с эпохи Каролингов сборник чаще всего называли «Деяния (Римских) понтификов» («Gesta pontificum (Romanorum), Gesta pontificalia»), а также «Хроника понтификов» («Chronica pontificum»). В сочинениях Гинкмара Реймсского исследователи встречают наименования «Gesta pontificum» и «Liber episcopalis». Название «Liber Pontificalis» появляется в рукописях с XII в. и получает широкое распространение в XV в. благодаря гуманисту Платине (1421–1481 гг.). Это название было использовано в издании Джакомо Вда иньоли и утвердилось в литературе после издания Л. Дюшена. Во многих средневековых рукописях «Liber Pontificalis» приписывалась папе Дамасу I; эта атрибуция содержится в «Хронике пап и императоров» Мартина из Троппау (ум. в 1278 г.) и в трудах более поздних авторов. «Liber Pontificalis» была впервые издана иезуитом Яном Бёйсом (Иоанном Бузеусом) как сочинение Анастасия Библиотекаря («Жизнеописания Римских понтификов от блаженного апостола Петра до Николая I». Майнц, 1602 г.). Эта атрибуция сохранена в издании Франческо Бьянкини, но отсутствует в издании Дж. Виньоли.