Дискуссия стала одним из важных событий в интеллектуальной жизни РПЦ второй половины XIX в., существенно повлияла на процесс развития русской научной культуры, модернизацию языка и проблематики церковной науки. Вместе с тем споры вокруг работ А.П. Лебедева неоднократно осложняли его отношения как с влиятельными оппонентами, так и с цензорами. В 1885 г. он временно покидал стены Московской духовной академии, читал лекции в Казанском университете, но вскоре вернулся в alma mater по ходатайству профессоров Московской духовной академии. С сентября 1895 г. он окончательно покинул Московскую духовную академию и перешёл на кафедру церковной истории Московского университета (ставшую вакантной после кончины А.М. Иванцова-Платонова). Много лет занимаясь преподаванием церковной истории, А.П. Лебедев, по сути, стал одним из основателей российской научной школы в этой сфере. Его непосредственными учениками были Александр Павлович Доброклонский, Николай Никанорович Глубоковский, Анатолий Алексеевич Спасский, Антон Владимирович Карташёв. Сфера научных интересов А.П. Лебедева была чрезвычайно обширна. Занимаясь изначально историей древней церкви в эпохи Римской и Византийской империй, он на протяжении жизни создал первый в России компендиум монографических исследований, охвативших всю историю вселенского (зарубежного) православия – от апостольского века до конца XIX в., а также основные вехи развития церковно-исторической науки. Его работы убедительно демонстрировали русской публике и мировой научной общественности многовековую преемственность православной традиции, её развитие как существенного фактора в мировой истории, особенно для судеб античной цивилизации, Византии, стран Восточного Средиземноморья и России. В последние годы, отчасти под влиянием начавшихся революционных событий и активизации общественной жизни в России, А.П. Лебедев большое внимание старался уделять насущным проблемам церковной жизни, откликался публикациями на обсуждение планов будущего церковного Собора и реформы РПЦ. А.П. Лебедев скончался скоропостижно, после непродолжительной болезни, в расцвете своих научных и творческих сил; похоронен на кладбище Спасо-Андроникова монастыря в Москве.