На последующих допросах В.М. Киранов отказался от выбитых у него показаний, 7 марта направил следователю заявление, в котором сообщал, что «был вынужден подписывать эти показания и подписывал их не читая... Очные ставки, которые я подписывал, были заготовлены следователем ранее». После того как физические меры воздействия не дали результата, к следствию в качестве «свидетеля» был привлечён бывший священник П. Зверев, которого В.М. Киранов раньше безуспешно уговаривал не оставлять священнослужения. На очной ставке П. Зверев советовал В.М. Киранову отказаться от сана и «перейти на честный труд»; в ответ священномученик назвал П. Зверева отступником и подхалимом, за что отсидел десять суток в карцере. В.М. Киранов и большинство заключённых виновными себя не признали (он писал из тюрьмы: «Я, всегда лояльный, открытый патриот и защитник весьма многих реформ, и вдруг – контрреволюционер. Перед родиной и властью не грешен, и пусть Бог будет судьёй моим и вольным и невольным врагам»). Поскольку материалов для открытого судебного заседания было недостаточно, Запорожский суд переслал дело на рассмотрение в Днепропетровск, затем в Киев. Не найдя достаточных оснований для осуждения арестованных, 11 августа 1939 г. прокурор УССР Косман направил дело на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР. Ожидая решения своей участи, В.М. Киранов писал из заключения близким: «Путь ко спасению проходит нормально, по указанию апостола Иакова, – сперва страдания, затем терпение, а перенося их, приучаешься к смирению, которое, надеюсь, породит в будущем любовь и приведёт ко спасению... Страдаю я, как вам известно, совершенно невинно юридически и фактически, так как перед государством и перед властью ни в чём не повинен... Перед Богом же виноват за многие и многие грехи, за что и несу это ужасное наказание как заслуженное. Карцер – отсюда только и просить Бога, чтобы простил меня, а я Его лишь благодарю за милость исправления этим путём. Всех вас прошу: да будет мир между вами во спасение ваше, а мне в утешение». Тройка НКВД на заседании 29 октября 1939 г. приговорила В.М. Киранова к восьми годам исправительно-трудовых лагерей. Постановление было объявлено 28 ноября, В.М. Киранова направили в Томско-Асинский исправительно-трудовой лагерь (село Асино Новосибирской области). Из лагеря он писал: «Принимали доброе, примем безропотно и плохое... слава Богу, что дал возможность искупить этим путём бесчисленные грехи пред Ним». В октябре 1940 г. ввиду расформирования Томасинлага В.М. Киранов был переведён в Темниковский исправительно-трудовой лагерь, скончался в лагере, похоронен в безвестной могиле. Прославлен архиерейским Собором РПЦ 2000 г.