В ходе Тринадцатилетней войны папский престол принял сторону Тевтонского ордена, изменив свою позицию лишь к концу военных действий, вероятно, в расчёте на то, что после окончания войны Казимир IV Ягеллончик выступит против конфликтовавшего с Римским папой и поддерживавшего гуситов чешского короля Йиржи Подебрада. Однако Казимир IV Ягеллончик предпочёл сблизиться с чешским королём и заключить с ним союзный договор. В результате после смерти Йиржи Подебрада в марте 1471 г. его преемником чешские гуситы избрали старшего сына Казимира IV Ягеллончика Владислава (1471–1516 гг.). Это привело к длительной войне Казимира IV Ягеллончика и Владислава II с венгерским королём Матьяшем Хуньяди (Матвеем Корвином), претендовавшим на чешский трон при поддержке чешских католиков. В 1479 г. между претендентами на королевский престол был заключён Оломоуцкий мир, по которому Владислав II сохранил за собой Чехию, в то время как прочие земли Чешского королевства (Лужица (Лаузиц), Моравия, Силезия) оказались под властью Матьяша Хуньяди. В 1470 гг. советник короля Ян Остророг предложил прекратить отсылать деньги в Рим, ограничить возможности для судебной апелляции к папе Римскому и запретить епископам приносить присягу папе (проект реформ «Monumentum pro Reipublicae ordinatione»). Эти разногласия мало влияли на церковную политику Казимира IV Ягеллончика на восточнославянских землях Польского королевства и Великого княжества Литовского. Даже в период разногласий с Римом Казимир IV Ягеллончик проводил политику укрепления позиций католической церкви. Он был заинтересован в деятельности католических миссионеров на этих землях. В 1451 г. пригласил в свои «русские» владения францисканца католического святого Иоанна Капстранского, проповедовавшего гуситам, а позднее покровительствовал бернардинцам. Казимир IV Ягеллончик вначале отказал в поддержке бывшему Киевскому митрополиту Исидору как легату не признанного Базельским собором папы Евгения IV (1431–1447 гг.), однако после нормализации отношений с папским престолом король предпринял шаги по осуществлению решений Ферраро-Флорентийского собора. На территории входившей в состав Польского королевства Галицкой земли была восстановлена к 1450 г. некогда существовавшая здесь Галицкая митрополия, во главе которой был поставлен сторонник церковной унии, бежавший из Молдавии митрополит Иоаким. Иной характер носила церковная политика Казимира IV Ягеллончика на землях Великого княжества Литовского. Здесь в конце 1440 гг. ему пришлось вести тяжёлую борьбу с претендентом на трон Михаилом Сигизмудновичем, которого поддерживал хан Большой Орды Сеид-Ахмед. Нуждаясь в помощи, Казимир IV Ягеллончик заключил договор о союзе с великим князем Московским Василием II Васильевичем Тёмным (1449 г.).