Много бедствий испытала патриархия при Григории V Ангелопулосе (1797–1798, 1806–1808, 1818–1821 гг.), который выслал из епархии синодальных архиереев, заботившихся лишь  об удовольствиях жизни, оставив при себе только немногих. Противники оклеветали его перед правительством, и после этого он был низложен и отправлен на Афон, в 1806 г. приглашён вторично, но через два года снова низложен, затем снова избран и снова низложен. После допроса был повешен на воротах патриархии. Его тело было погребено в Одессе, но впоследствии было торжественно перенесено в Афины. Синодальные или другие архиереи, находившиеся в Константинополе, были или заключены в тюрьмы, или казнены. В Адрианополе был повешен бывший патриарх Кирилл VI Сермецоглу (1813–1818 гг.). Вместе с ним были казнены ещё три епископа. Казнённых турками во время греческого восстания насчитывают до 80 митрополитов, архиепископов и епископов, а казнённых из низшего духовенства исследователи исчисляют сотнями. Период турецкого господства завершился образованием независимого греческого государства в 1821 г. и объявлением Элладской церковью независимости. С падением Константинополя и постепенным исчезновением Восточной Римской империи роль Константинопольской церкви среди её паствы значительно возросла. Константинопольский патриарх разделил с султаном политическое лидерство среди православного населения Турецкой империи. Статус Константинопольских патриархов претерпел изменения согласно парадигме, характерной для исламского мира, в котором различие между политической и религиозной властью едва выражено, и эти власти, как правило, совмещаются в одном лице. Турецкий султан как мусульманин не мог стать религиозным главой православных, но также не мог стать их полноценным политическим лидером, т.к. исламская традиция не позволяла ему быть лишь политическим лидером. Компромисс в этой ситуации был найден в том, что Константинопольский патриарх как традиционный духовный глава православного народа получил также политическую власть над ним. Благодаря этому был соблюдён принцип совмещения двух властей в одном лице, а султан был также избавлен от необходимости быть духовным главой христиан (что встретило бы отпор у христиан и напряжение среди мусульман). Тем не менее, патриарх не мог стать полноценным политическим главой православных и должен был подчиняться султану. Поэтому он, скорее, был посредником и проводником воли султана, но также нёс ответственность за нестроения, если такие возникали среди подчинённого ему народа. В самом начале Реформации некоторые её деятели пытались установить контакты с иерархами православной церкви, ища в ней опору своим исканиям неискажённого христианства. Патриарх Иеремия II, с которым они вступили в общение, благосклонно отнёсся к их попыткам вернуться к изначальной христианской традиции и высказал готовность к диалогу с ними. Тем не менее, он отверг те новшества, которые получили развитие в протестантизме. Современный период считается с 1833 г. В результате Балканских войн начала XX в., а также неудачной попытки отвоевать у Турции Малую Азию большая часть греческого населения Турции была вынуждена бежать и рассеялась по всему миру.