Третьим периодом считается период с 1261 г., когда Константинополь был освобождён от латинских захватчиков, до 1453 г., когда он был окончательно захвачен турками. Турецкие племена, воспользовавшись слабостью Византии, обратились против своего прежнего союзника и начали наносить ему сокрушительные удары. Чтобы найти выход из сложившейся ситуации, Константинопольские императоры стали обращаться к помощи Запада, который в обмен на такую помощь требовал подчинения восточных церквей Риму. Некоторые императоры (а также часть государственной и интеллектуальной элиты) были согласны соединиться с Римом на его условиях, т.е. фактически принять власть Римских пап и новшества в вероучении и церковной практике. Однако этому противостоял простой народ. В Византии образовались две партии: сторонников и противников соединения с Римом. Практически весь данный период прошёл под знаком противостояния этих двух партий. Временное превосходство проуниатской партии привело к заключению уний с Римом в 1274 г. в Лионе и в 1453 г. во Флоренции. В контексте противостояния про- и антиуниатских партий в XIV в. возникли так называемые «исихастские споры», которые велись вокруг вопроса о природе божественного Света, а также о подлинности опыта этого Света, переживаемого подвижниками благочестия. В 1453 г. Константинополь был захвачен турками, которые наложили на христиан целый ряд ограничений, патриарха сделали главой многонациональной православной общины Османской империи, за что приходилось дорого платить. Патриарх Геннадий II Схоларий (1454–1459, 1463, 1464–1465 гг.) при императоре Иоанне VIII Палеологе (1425–1448 гг.) занимал должности главного начальника и профессора высшей Константинопольской школы (отсюда название «Схоларий»), а затем члена верховного совета и государственного судьи. В 1437 г. он действовал в примирительном духе, но потом тайно уехал в Венецию и не подписался под актом унии в подчинение Западной церкви. После возвращения он встал во главе ревнителей православия, оставил государственную службу и, приняв монашество, посвятил себя борьбе с латинянами (после завоевания Константинополя турками выбран патриархом). Монахи и клирики выступили против него, когда он начал искоренять симонию. В 1464 г. (или 1465) г. Геннадий II сложил с себя сан и умер в том же году. Греческая церковь причислила его е лику святых. При патриархе Максиме III (1476–1483 гг.), прозванном Философом, церковь обрела спокойствие. Патриарх Иеремия II (1572–1579, 1580–1584, 1587–1595 гг.), по прозванию Транос (Светлый), созвал Собор для борьбы с симонией. По распоряжению султана он был в 1579 г. низложен, но в 1580 г. был восстановлен, позже был сослан на остров Родос, а в 1587 г. возвратился. В 1588 г. Иеремия II отправился в Россию, где дал согласие на установление патриаршества в Русской православной церкви. Паисий II занимал патриаршую кафедру четыре раза (1726–1732, 1740–1743, 1744–1748, 1751–1752 гг.). Он издал соборное постановление о низшем клире, согласно которому в священный сан возводились только образованные люди, причём определялось наказание за нарушение такого постановления. Патриарх Самуил I Хадзерис (1763–1768, 1773–1774 гг.) провёл ряд реформ, добиваясь главенства Константинопольской патриархии над другими восточными самостоятельными церквами. В 1766 г. он подчинил автокефальную сербскую Ипекскую архиепископию, а в 1767 г. – Охридскую в Болгарии. В 1768 г. он был низложен синодом за излишнюю строгость, в 1773 г. во второй раз занял престол, но через год снова оставил, уехал на остров Халки и прожил там до самой смерти.