Наконец, весть о его заточении дошла до папы Иоанна VIII, который тотчас послал гневное письмо к епископу Пассау Германариху, как видно, главному виновнику всего дела: «Мы уверены, что нужен целый источник слёз.., чтобы оплакать твоё безобразие. Действительно, чья ещё жестокость, говоря не только о епископах, а о любом светском человеке и даже тиране, или чья зверская свирепость могли сравниться с твоей дерзостью, с твоим решением подвергнуть нашего брата и епископа Мефодия заключению. Как посмел ты столь сурово и бесчеловечно наказать его?» Письмо заканчивалось угрозой отречения. Такое же резкое письмо он послал Фрейзингенскому епископу Анону. Только после этого Мефодия освободили. Выпущенный из заключения, он во второй половине 873 г. прибыл в Моравию. К этому времени здесь произошли значительные перемены – Святополк рассорился с немецкими епископами и прогнал их от себя. Мефодия встретили с почётом и даже некоторым радушием. Автор «Жития» пишет: «Вместе со всеми мораванами князь Святополк принял его и доверил ему все церкви и всё духовенство во всех городах. С этого дня Божье учение стало расти, духовенство стало умножаться по всем городам, а язычники – верить в истинного Бога, отказываясь от своего заблуждения…» Среди прочих ему здесь удалось крестить чешского князя Боривоя и его жену Людмилу. Мефодий оставался в их владениях около года и освятил первые чешские церкви в Литомышле и Левом Градце. Тогда же, согласно некоторым известиям, он отослал священников в Польшу, которые крестили тамошнего князя и многих поляков. В самой Моравии Мефодий передал большую часть церквей в руки священников-славян, однако влияние немцев оставалось очень значительным. Их открытое или с трудом скрываемое недоброжелательство по-прежнему его преследовало. После смерти папы Адриана II вопрос о богослужении на славянском языке поднялся вновь. Папа Иоанн VIII в этом вопросе занял более осторожную позицию. Сначала он не возражал против литургии на славянском языке, но потом велел вести службу на латинском, а на славянском – только проповедь. В Рим продолжали поступать доносы на Мефодия, обвиняя его в том, что он не только служит на славянском языке, но также извращает в своих проповедях христианское учение. В 879 г. папа вызвал его в Рим, где Мефодий сумел оправдаться во всех обвинениях против него. Более того, отношения миссионера с папой Иоанном VIII стали даже более сердечными. Отпуская Мефодия назад в Моравию, папа писал о нём Святополку: «Мы находим, что он истинно исповедует церковное учение и может быть полезным во  всей церковной службе. Мы посылаем его к вам обратно управлять предоставленной ему Божьей церковью и приказываем принять его как вашего собственного пастыря с достойной почестью, вниманием и радостью, подтверждая повелением нашей апостольской властью его архипастырские привилегии». После возвращения в Велеград Мефодий перепоручил миссионерскую деятельность своим ученикам, сосредоточив все силы на переводе Ветхого Завета. Это сложное дело было осуществлено им и двумя его помощниками в очень короткий срок. Исследователи говорят, что из всего сделанного Мефодием, именно его перевод Священного Писания стал самым значительным вкладом в сокровищницу славянской культуры. В 882–884 гг. по приглашению византийского императора Василия I Македонянина (867–886 гг.) Мефодий посетил Константинополь (о подлинных целях этого визита сведений нет). Умер он в апреле 885 г. и был похоронен в соборной церкви в Велеграде. После себя оставил более 200 подготовленных им священников, которых сам обучил славянской грамоте и богослужению. После смерти Мефодия новый Паннонский архиепископ Вихинг и его сторонники – приверженцы латинской церкви добились в папы Стефана V запрещения славянского языка как богослужебного, а князь Святополк изгнал его учеников из своих владений. Младшие представители подготовленного Мефодием славянского духовенства были проданы в рабство в Византию, но вскоре (в 886 г.) выкуплены венецианскими сановниками и отправлены в Константинополь. Часть их осталась в Византии, другие перешли в Болгарию. Великой заслугой солунских братьев было то, что созданный ими литературный, книжный язык, способный полноценно выражать все оттенки речи, сразу стал обслуживать различные сферы общественной жизни и культуры, что свидетельствовало о его высокой жизненности и служило гарантией ещё более широкой культурной миссии в будущем.