Утром 31 октября в Царское Село вошли красногвардейцы, которые сразу же арестовали священников собора, считая, что они «за казаков молились». Арестованных священников доставили в помещение местного совета рабочих и солдатских депутатов, где расположился штаб командира революционных отрядов Павла Ефимовича Дыбенко. Протоиереи Н. Смирнов и С. Фокко после допроса были отпущены. И.А. Кочуров, который, по словам очевидцев, «запротестовал и пытался разъяснить дело», вечером был выведен за городскую черту и расстрелян по дороге к полю аэродрома на глазах у сына-гимназиста. Об обстоятельствах убийства И.А. Кочурова написал в книге «Десять дней, которые потрясли мир» американский журналист Джон Рид, пользовавшийся, однако, тенденциозными сведениями советских властей: «Вечером, когда войска Керенского отступили из Царского Села, священники стали возбуждать народ против Советов, произнося соответствующие речи на могиле Распутина, находящейся за императорским дворцом. Один из этих священников, о. Иван Кучуров (так у Рида), был арестован и расстрелян раздражёнными красногвардейцами». В действительности могилы Г.Е. Распутина в то время уже не существовало, неправдоподобно и проведение поздним осенним вечером многолюдного собрания в отдалённой части Александровского парка Царского Села, где ранее находилась могила. И.А. Кочуров стал первым иереем, принявшим мученическую смерть при советской власти. Утром 1 ноября его тело было перевезено в часовню дворцового госпиталя, а 3 ноября доставлено в Екатерининский храм. На следующий день было совершено отпевание, гроб с телом И.А. Кочурова поставили в подцерковье. Приход получил разрешение на погребение И.А. Кочурова под собором. 8 ноября, на девятый день после кончины И.А. Кочурова, викарий Петроградской епархии Нарвский епископ Геннадий (Туберозов) совершил в Казанском соборе Петрограда панихиду по И.А. Кочурову и «по всем павшим в междоусобной брани». Церковно-епархиальный совет Петроградской епархии обратился с воззванием поддержать семью пастыря-мученика и создать фонд помощи духовенству «во всех подобных случаях». 26 ноября, в первое воскресенье после возвращения в Петроград с поместного Собора, Петроградский митрополит Вениамин (Казанский) служил в Царском Селе. В слове за литургией он обратился к народу с призывом к единению, любви и братству. Говоря о гибели И.А. Кочурова, митрополит Вениамин сказал, что пастырь отдал жизнь за любовь к Богу и ближним, явив собою пример христианского мученичества. Митрополит Вениамин совершил литию у гроба И.А. Кочурова и посетил его семью в доме при церкви. 9 декабря 1917 г. с проникновенным письмом к вдове И.А. Кочурова Александре Васильевне Кочуровой обратился патриарх Тихон: «С великой скорбью Священный Собор Православной Российской Церкви, а с ним и Мерность Наша приняли известие о мученической кончине протоиерея Иоанна Александровича Кочурова, павшего жертвой ревностного исполнения своего долга. Соединяя молитвы Наши с молениями Священного Собора об упокоении души убиенного протоиерея Иоанна, разделяем великое горе Ваше и делаем это с тем большей любовью, что Мы близко знали почившего отца протоиерея и всегда высоко ценили его одушевлённую и проникновенную пастырскую деятельность. Храним в своём сердце твёрдое упование, что украшенный венцом мученичества почивший пастырь предстоит ныне Престолу Божию в лике избранников верного стада Христова».