В 1780 г. по разрешению властей к сооружённой при Исаакии часовне был пристроен алтарь, церковь была освящена в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы. Узнав о разрешении богослужения, на Иргиз со всех концов страны потянулись старообрядцы. В связи с легальным совершением старообрядцами богослужения на Иргизе стал особенно актуальным вопрос о приёме в старообрядчество священнослужителей. Монах Сергий написал сочинение «Обыскательное pассуждение» с апологией разработанного им чинопоследования приёма иереев из православной церкви через миропомазание, получившего название «иргизская исправа». Сергий считал, что «исправлять» «беглых попов», крещённых обливательно, можно только там, где есть церковь и миро, т.е. в Исаакиевском (Верхнем) монастыре на Иргизе. С этим не согласился управлявший Пахомиевым (Филаретовым) скитом инок Антоний, считавший, что по необходимости можно принимать крещённых обливательно священников через отречение от ересей, без миропомазания, и принял таким образом священника Василия. Возник длительный спор, который сопровождался созывом в Верхнем монастыре 2 августа 1782 и в марте 1783 г. Соборов, на которых победили сторонники «перемазывания», однако полемика на этом не закончилась. В эти же годы Сергий написал трактаты в защиту старообрядцев. По мнению исследователей, он был автором созданного около 1782 г. сочинения «Разглагольствия старообрядца с новообрядцем», целью которого было показать, «какие то есть старообрядцы, новообрядцы и в чём какое имеют разгласие». Описав богослужебные новшества, введённые патриархом Никоном, автор стремился доказать истинность старообрядческой церкви. Исследователи полагают, что Сергиё также написал известное в списках «Возражение иргизских поповцев на доводы православных» (начало: «Церковь, состоящая в Астраханской епархии, в Саратовском наместничестве, на реке Иргизе»), где опровергается мнение о том, что старообрядческие храмы на Иргизе и в Стародубье (современной Брянской области) нельзя считать православными, «понеже не имеют в себе епископов, без благословения архиепископа построены, не покоряются Греко-Российской Церкви, попов бежавших приемлют, в разделении своем от Великороссийской Церкви правильных принципов не имеют». Автор пытается доказать, что отделение последователей «старой веры» от Русской церкви имеет уважительную причину, а именно нововведения патриарха Никона, и что старообрядческие храмы построены правильно – «сколь есть нужно и потребно христианам» (Исторический музей; исследователям известен роскошно оформленный список этого сочинения). В 1783 г. в Верхнем монастыре был сооружён второй храм – Успенский, монастырь стал называться Верхне-Успенский, в 1804 г., после возведения Преображенского собора, был переименован в Верхне-Спасо-Преображенский. На торжество освящения Успенского собора 19 декабря 1783 г. съехалось множество купцов из Поволжья и других мест. Надеясь заручиться их поддержкой, Сергий созвал «всеобщественное» собрание, на котором были выработаны пять пунктов, закреплявших монополию Верхне-Успенского монастыря на приём в старообрядчество «беглых попов».