В 1764 г. (по другим данным, в 1755 г.) напротив села Каменка, в 7,5 км выше Пахомиева скита, пришедший из-за рубежа вместе с 11 иноками и 14 мирянами иеромонах Исаакий устроил скит, впоследствии названный его именем (скит также назывался Верхний). В 1765 г. в Авраамиевом скиту жили 17 человек, в Пахомиевом – 29, в Исаакиевом – 37 человек. В 1774 г. близ Исаакиева скита монахиня Маргарита (Ильина) создала женский скит. Возле Пахомиева скита в 1783 г. (по другим данным, в 1762 г.) возник женский Анфисин скит. Первая в Иргизских монастырях часовня, в честь Покрова Пресвятой Богородицы, была возведена Исаакием в 1764 г. Затем деревянную часовню во имя Николая Чудотворца сложил и освятил Пахомий. Их примеру последовал Авраамий. Это вызвало беспокойство Синода, считавшего, что «оным церквам и часовням быть не должно», поскольку создание молитвенных домов не предполагалось законодательством об иргизских переселенцах. Однако никаких действий со стороны властей не последовало, и скиты благодаря активности настоятелей развивались, привлекая многих сторонников «старой веры». Мирная жизнь Иргизских монастырей была прервана появлением донского казака Емельяна Ивановича Пугачёва, ранее скитавшегося на Ветке и под видом старообрядца-переселенца вернувшегося в Россию. Прожив несколько дней в Филаретовом скиту, Емельян Пугачёв отправился в Мечетную слободу, где его речи вызвали подозрение у И. Расторгуева и Василия Алексеевича Злобина (впоследствии попечитель Иргизских монастырей). Емельян Пугачёв был арестован и отправлен в Казань, откуда в мае 1773 г. бежал и вновь выдал себя за старообрядца, чтобы найти убежище в Казани. Затем он вернулся на Иргиз, где объявил себя императором Петром III, был опознан крестьянином С. Филипповым, избежал ареста и начал бунт. 17 июня 1773 г. Сенат предписал казанскому губернатору Якову Илларионовичу фон Брандту инспектировать иргизские скиты, в результате проверки было выявлено 44 беглых разного звания и пола. За иргизскими поселениями установили полицейское наблюдение, императрица отправила сюда для поимки Емельяна Пугачёва Гавриила Романовича Державина, но его миссия была неудачной. В 1776 г. на Иргизе появился монах-старообрядец Сергий (Юршев; в 1781 г. занесён в первую обывательскую книгу Вольска), деятельность которого ознаменовала новый этап существования Иргизских монастырей. Переселившись с Ветки, монах Сергий сумел принести на Иргиз походную полотняную церковь и получил от властей в 1780 г. разрешение на совершение богослужений. Сергий участвовал в старообрядческом Соборе, заседавшем в Москве в конце 1779 – начале 1780 гг., который был посвящён приёму в старообрядчество священников из православной церкви («перемазанский» Собор). На Соборе победило мнение о необходимости принимать иереев через миропомазание, и Сергию было поручено вести письменную полемику со сторонниками другой точки зрения на чин приёма священников – через отречение от ересей. После кончины Исаакия, указавшего на Сергия как на преемника, и согласно «приговору» братии от 3 мая 1780 г. последний был избран настоятелем Исаакиевского скита. В соответствии с «приговором» братии настоятель должен был заботиться о храме и об уставном житии иноков. Монах Сергий составил общежительный устав.