При Иннокентии в Ситке была открыта духовная семинария (1906 г.), проведён ремонт Михаило-Архангельского собора; началось издание журнала «Православная Аляска», переводились на туземные языки Священное Писание, богослужебная и духовно-нравственная литература, активно велась миссионерская работа. Иннокентий высказывался за переход церковного образования, проповеди, а в перспективе и богослужения на Аляске на английский и туземные языки. Постоянно объезжал православные приходы и миссии, развивал приходскую жизнь путём создания церковных братств и обществ трезвости. В мае 1906 г. посетил Вашингтон, встречался с Президентом США Теодором Рузвельтом. Перед американскими властями был поставлен вопрос о назначении в места проживания православного населения православных учителей в государственные школы. В 1906 г. к Аляскинскому викариатству была присоединена Чукотская миссия. 1 мая 1909 г. назначен епископом Якутским и Вилюйским. Прибыл в Якутск в августе того же года. Совершал объезды приходов, в том числе отдалённых на берегах реки Колымы. Реорганизовал епархиальный училищный совет. Образовал в Якутске отдел Палестинского общества; в школах епархии были проведены чтения о Святой земле. Участвовал в первом миссионерском съезде в Иркутске (1910 г.), руководил одной из секций. 3 октября 1911 г. имел получасовую аудиенцию у императора Николая II. 23 февраля 1912 г. уволен от управления Якутской епархией. 25 июня того же года назначен епископом Туркестанским и Ташкентским с пребыванием в городе Верном (ныне Алма-Ата). В октябре 1916 г. из-за восстания казахского населения Иннокентий, покинув паству, выехал в Петроград, где предложил изменить местопребывание епархиальной кафедры. Решением Синода от 16 декабря того же года епархиальная кафедра была перенесена в город Ташкент. После подавления восстания Иннокентий вернулся в Верный, где в мае 1917 г. организовал собрание духовенства, которое обратилось к обер-прокурору Синода с просьбой об оставлении Иннокентия на Верненской кафедре. Однако в начале июля епархиальный съезд в Верном принял постановление «не просить Преосвященного Иннокентия о перемещении с Ташкентской кафедры на викарную Верненскую».