Число насельников монастыря Григория в конце XV – второй трети XVIII вв. существенно колебалось. По подсчётам исследователей, выполненным на основании свидетельств паломников и монастырских посольств, в 1489 г. в монастыре было 270 человек, в 1530/1531 г. – 39, в 1561 г. – 70, в 1569 г. – 42, в 1634/11635 г. – 127, в 1661 г. – 50, в 1677 г. – 60, в 1709 г. – 50, в 1765 г. – 40 человек; в 1582/1583 г. монастырь, по мнению исследователей, находился в запустении. В последней четверти XVII в. монастырь Григория относился к числу беднейших афонских обителей. В 1678 г. его доля в синдоксии (общеафонских сборах на выплаты османским властям) равнялась 25 грошам, т.е. составляла не более четверти суммы, выплачивавшейся каждым из таких монастырей, как Великая Лавра, Ватопед и Хиландар. Об истории обители до 1761 г., когда из-за пожара монастырь Григория был разрушен почти до основания, сохранилось крайне мало сведений. Описание Василия Григорьевича Григоровича-Барского, дважды посетившего эту обитель (1725, 1744 гг.), снабжённое точным рисунком, является важнейшим свидетельством о монастыре до пожара. Монастырь Григория был тогда самым небольшим монастырём на Святой Горе и представлял собой одно строение «наподобие столпа или крепосты с высокимы стенамы» высотой три или четыре этажа. Маленький крестово-купольный собор во имя Николая Чудотворца не находился в центре монастырского комплекса, а был встроен в восточную стену. Он имел купольный свод (без барабана) и покрытую свинцом крышу. В монастырский ансамбль входили четыре храма, трапезная, гостиница, больница и 80 монашеских келий с балконами. Важным событием в жизни монастыря Григория стала передача около 1765 г. монастырю значительной части мощей Анастасии Римляныни, которая почитается покровительницей обители вместе с Николаем Чудотворцем и Григорием Новым. После пожара, в 1762–1783 гг., монастырь восстанавливал игумен Иоаким Скевофилакс из Акарнании, который получил прозвище Макригенис (Длиннобородый) после происшедшего с ним чудесного знамения. Когда иноки из монастыря Григория пришли к нему в окрестности Малого скита св. Анны, куда он удалился для особого подвига, и попросили позаботиться о восстановлении обители, он сказал, что, когда у него вырастет борода, тогда произойдёт и возрождение монастыря Григория. Вскоре у Иоакима, который был до этого лысым и безбородым, выросла борода до земли. Согласно другому варианту этой легенды, Иоаким, узнав о пожаре, отправился посмотреть, что стало с монастырём. Когда он достиг келлии св. Архангелов, откуда открывается вид на монастырь Григория, и увидел обгоревшие развалины, то в отчаянии стал взывать к покровителю монастыря Николаю Чудотворцу. Святой явился Иоакиму и сказал ему, что монастырь Григория возродится вновь, знамением чего будет чудесно выросшая борода. Отправившись в Константинополь и Молдавию, Иоаким сумел собрать там необходимые средства, вернул разошедшихся по разным местам монахов и возглавил строительство монастыря. По преданию, в Константинополе он случайно встретился с султаном, который был поражён его разумом и внешностью и подарил на восстановление монастыря 25 тыс. номисм. В возрождении обители Иоакиму помогали господари Молдавии и Валахии Александр Гика (хрисовул 1777 г.) и Александр Ипсиланти (хрисовул 1778 г.), митрополит Унгро-Влахийский Григорий II и многие фанариоты.