Русский участок отделён от расположенного ниже по склону францисканского участка узкой асфальтированной дорогой. Напротив ворот русской обители, на месте, где, по преданию, Иуда целованием предал Господа, установлен обломок колонны. До Первой мировой войны здесь начинался коридор-отросток, который вёл к Камню Моления о Чаше, являвшемуся тогда общим достоянием католиков и православных. Попытки францисканцев сделать священный камень своим владением каждый раз оспаривались и пресекались совместными усилиями Иерусалимской патриархии, Русской духовной миссией и русским консульством. После перехода (в конце 1917 г.) Иерусалима под британский контроль францисканцы, воспользовавшись отсутствием Русской духовной миссии (эвакуированной в Александрию) и русского консульства, добились от греков отказа от их прав и построили стену, преградив доступ к этому святому месту. По проекту архитектора Анатонио Барлуцци, приглашённого кустодом Святой земли Фердинандо Диа Таллеви для строительства церкви Гефсиманской молитвы («Церкви всех наций», 1919–1924 гг.), священный камень оказался внутри храма, в алтарной части. После мученической кончины великой княгини Елизаветы Фёдоровны в Алапаевской шахте 18 июля 1918 г. её мощи, как и останки других погибших с ней, по мере отступления Белой Армии были перевезены игуменом Серафимом (Кузнецовым) через всю Сибирь в Хабаровск, Пекин, Шанхай. Затем по желанию сестры Елизаветы Фёдоровны принцессы Виктории Баттенбергской мощи великой княгини и инокини Варвары (Яковлевой) были доставлены в Иерусалим и 17/30 января 1921 г. погребены в крипте храма Марии Магдалины. После того как 1 ноября 1981 г. Елизавета Фёдоровна и Варвара (Яковлева) были прославлены Русской православной церковью за границей в лике святых, было решено перенести их мощи из крипты непосредственно в храм. Торжественное перенесение состоялось 1–2 мая 1982 г. 9–11 января 1990 г. мощи были переложены в новые, мраморные раки по обеим сторонам солеи (мощи Елизаветы Фёдоровны – справа, инокини Варвары – слева). Полное официальное название существующей при храме русской женской обители: Вифанская община во имя Воскресения Христова с церковью равноапостольной Марии Магдалины в Гефсиманском саду (поскольку первоначально община располагалась на русском участке в Вифании). Община была основана в 1933 г. двумя перешедшими в православие шотландками, англиканскими монахинями Варваре Марион Робинсон (в иночестве игуменья Мария) и Катрин Франсис Спрот (в иночестве монахиня Марфа), и русской монахиней Варварой (Цветковой) по благословению архиепископа Анастасия (Грибановского), впоследствии первоиерарха Русской православной церкви за границей. Игуменья Мария управляла обителью с 1935 г. (с сентября 1936 г. – в сане игуменьи) до самой кончины в 1969 г. Ныне обитель, находящуюся в юрисдикции Русской православной церкви за границей, возглавляет игуменья Елисавета.