Однако в ряде рукописей смешиваются графические черты обоих типов, и различия между ними становятся относительными. Так, написание вирги с нотной головкой справа от древка объединяет черты мецского ромба и собственно «подковного гвоздя». Такой тип вирги присутствует также в ряде манускриптов польского происхождения. Исследователям трудно установить, происходят ли эти типы нотации из единого центра или представляют собой результат одновременного и независимого развития. С течением времени различия между местными и орденскими нотациями (бамбергской, цистерцианской и др.) нивелировались, и эти системы записи ассимилировались с соседними региональными типами. Тенденция к унификации разных региональных типов усилилась с началом нотопечатания. Некоторые нотации, впрочем, долго сохраняли самобытность, например, силезская или пражская, в которых доминировали лотарингские формы. Начиная с позднего Средневековья, в скрипториях создавалось большое количество музыкальных рукописей неофициального, подсобного характера – нотных записных книжек, учебников или школьных тетрадей, в которых типы нотации под воздействием практики скорописи упрощались и стандартизировались. В певческих книгах, выполненных роскошно и тщательно для официального использования (Антифонарии, Градуалы и т.д.), обычно лучше различимы графические признаки того или иного типа нотации. Внутри немецкого и лотарингского типов исследователи выделяют разновидности, в которых в силу разных причин действовали другие нотационные традиции, нежели доминирующая региональная система. Например, бенедиктинцы аббатства св. Георгия в Праге использовали немецкий тип (вследствие связей с аббатством Хирзау в Шварцвальде, на юго-западе Германии), несмотря на то что в целом в Пражском регионе господствовал лотарингский тип. Тевтонский орден (основан в XII в.) принёс немецкую нотацию (вместе с богослужением доминиканской традиции) на северо-восток Европы. В XV–XVI вв. в готическую нотацию проникли элементы мензурального нотного письма. Так записывались обычно вновь сочиняемые композиции, в том числе многоголосные. По мнению исследователей, манускрипты с мензуральными знаками типа семибревиса и минимы можно встретить с XV–XVI вв. в германоязычных регионах. В XV–XVI вв. польские певческие рукописи и учебники с готической нотацией имели широкое хождение в Южнорусском регионе в обиходе церквей католической и православной юрисдикций, а также в юго-западных православных братствах и школах. Они могли оказать определённое влияние на формирование так называемой киевской нотации, которая типологически близка к поздней мензуральной готической нотации XV–XVI вв. Рукописи в готической нотации продолжали создаваться долгое время и после начала нотопечатания, в отдельных случаях до XVIII в. Среди первопечатных нотаций также устойчиво выделяется готический тип.