Истории церкви на украинских землях посвящены многие отдельные труды М.С. Грушевского. Он касается её почти во всех исследованиях по истории Украины, считая православную церковь неотъемлемой частью национальной жизни. М.С. Грушевский неоднократно писал о том, что православие рассматривалось на Украине как «национальная святыня» и во многие периоды истории являлось «единственной опорой украинского элемента в сфере культурно-национальной». Он детально исследовал положение православного мещанства в городах Западной Украины (прежде всего, во Львове) и показал, каким значительным ограничениям оно подвергалось со стороны католического польско-немецкого патрициата. Именно в этих условиях города стали «первыми очагами организованной борьбы за национальные права». Чрезвычайно резко оценивал результаты польской церковно-культурной политики на украинских землях в период их вхождения в Речь Посполитую, когда православная церковь оказалась в «чрезвычайно затруднительном положении... едва терпимого или даже преследуемого исповедания». Результатом данной политики явилась, в частности, «национальная апостазия представителей украинской и белорусской аристократии». По мнению М.С. Грушевского, резко негативные последствия для национального развития имело утверждение в Западной Украине Брестской унии 1596 г., которое «знаменовало полное банкротство национальной жизни... Это была победа не просто над исповеданием (православием), но и над национальными традициями, над всею самостоятельностью народа». М.С. Грушевский писал о «безвыходности позиции Брестской унии». Основная вина за заключение унии лежит, по его мнению, на украинских православных архиереях, составивших «заговор владык» и действовавших «самовольно, без участия Церкви». Он также отрицательно оценивал деятельность греческих иерархов на Украине, способствовавших усилению самостоятельности братств, что ослабило позиции архиереев и подтолкнуло их к признанию главенства папы Римского. Огромное позитивное значение для национальной истории, по мнению М.С. Грушевского, имела борьба с унией. Он писал об объединении украинского народа во главе с казачеством в защиту православной церкви «на общей почве национальных интересов, воплощавшихся для современников в интересах национальной православной Церкви и связанной с ней национальной культуры». М.С. Грушевский высоко оценивал значение православных деятелей, полемистов, боровшихся с унией, в частности, архимандрита Елисея (Плетенецкого) и др., которые подготовили украинское общество к освобождению от польского гнёта. Признавал заслуги Киевского митрополита Петра (Могилы) в организации церковной жизни, но считал, что его деятельность «сворачивала украинскую культурную жизнь на чуждую ей дорогу», подразумевая лояльность Киевского митрополита к польским властям и отказ поддержать казаков. О митрополите Сильвестре (Коссове), преемнике митрополита Петра, М.С. Грушевский писал, что тот не проявил «солидарности с великим восстанием» под предводительством Богдана Хмельницкого. Вхождение Киевской митрополии в 1686 г. в состав Московского патриархата историк считал одной из главных причин, которые привели к утрате автономии и к русификации населения Украины.