М.С. Грушевский принадлежал к православной церкви (во Львове входил в приходский совет единственной православной церкви – во имя великомученика Георгия). По завещанию отца учредил в Киевской духовной семинарии стипендию имени Сергея Фёдоровича Грушевского для обучающихся там многочисленных представителей рода Грушевских, которые около столетия были тесно связаны с этим учебным заведением. Недостатком великороссийской традиции православия в сравнении с украинской считал господство обрядности в ущерб внутренней религиозности. М.С. Грушевский обвинял Русскую православную церковь в равнодушии к национальным чаяниям принадлежавших к ней народов, критиковал действия русского правительства по воссоединению униатов на Холмщине, считая, что это должно привести к массовому переходу в католичество и к ополячиванию. До 1917 г. не верил в возможность появления автокефальной православной Украинской церкви. Позже приветствовал создание УАПЦ, в которую перешли многие его родственники и друзья. М.С. Грушевский признавал значение Украинской греко-католической церкви для национального возрождения Украины. В то же время настороженно относился к деятельности униатского митрополита Андрея Шептицкого, считая его защитником интересов не столько Украинской церкви, сколько Римской курии. В 1921 г. М.С. Грушевский начал переговоры о возвращении на Украину, убеждал главу СНК УССР Христиана Георгиевича Раковского (Станчева) отказаться от однопартийной системы и создать социалистический блок партий, в который вошла бы УПСР. После окончательной победы на Украине советской власти М.С. Грушевский заявил о прекращении политической деятельности, в 1921–1923 гг. организовал помощь голодающим на Украине. В марте 1924 г., после избрания действительным академиком по кафедре украинской истории Всеукраинской АН (ВУАН), М.С. Грушевский вместе с семьёй вернулся в Киев; возглавил историческую секцию ВУАН, открыл ряд новых научно-исследовательских кафедр и комиссий, возобновил издание журнала «Украïна», создал новую школу украинских историков (Сергей Викторович Шамрай, Алексей Иванович Баранович и др.). В 1929 г. М.С. Грушевский был избран членом Академии Наук СССР. В начале 1930 гг. в ходе масштабных репрессий, начавшихся после процесса против «Спiлки визволення Украïни» («Союз освобождения Украины») и «дела академиков» (1929–1930), созданные М.С. Грушевским научные учреждения были закрыты, многие ученики арестованы. В 1930 г. М.С. Грушевский был арестован в Москве, обвинён в том, что возглавлял «контрреволюционную организацию “Украинский национальный центр”». Вскоре был освобождён, жил в Москве под наблюдением НКВД. Его имя фигурировало в фабриковавшемся НКВД в 1933–1934 гг. деле о «контрреволюционной национал-фашистской организации, именовавшейся «Российская национальная партия»», в ходе следствия по делу были арестованы многие видные деятели науки. М.С. Грушевский остался на свободе. Похоронен на Байковом кладбище в Киеве. Он опубликовал более 2 тыс. работ. Помимо научных исследований занимался переводами библейских книг на украинский язык (не опубликованы), писал рассказы и новеллы на религиозные темы («Остання кутя», «Нiч» и др.), мемуары («Спомини»). Являлся почётным членом Краковской Академии Наук (1895 г.), членом Археографической комиссии Московского археологического общества (1900 г.), Одесского общества истории и древностей (1901 г.), доктором русской истории honoris causa Харьковского университета (1907 г.), академиком Чешской Академии Наук (1914 г.) и др.