С.С. Гогоцкий испытывал определённое влияние гегелевской философии, но сам не был философом-систематиком. Большинство его работ посвящено истории и типологии философского развития. В этом смысле его философия определяется как исторический результат «сознательного теоретического и практического отношения к внешнему или предметному миру», основные вопросы которого «содержатся уже в самой натуре сознания и сознательного отношения к окружающей жизни». На разных ступенях философского развития меняется форма и способ постановки, но не суть философских вопросов, главный из которых, по мнению С.С. Гогоцкого, – причина и цель субъект-объектного противопоставления. Содержательное единство философского исторического процесса он объясняет единством структуры сознания человека. Отсюда следует идущее от Георга Вильгельма Фридриха Гегеля определение философии, которая для С.С. Гогоцкого есть деятельность мысли и познания, получающая своё содержание от контакта с противостоящим ей внешним миром как предметом или действительностью. Философская рефлексия, считал С.С. Гогоцкий, состоит в непрерывном обращении сознания от себя к предметному миру и обратно; деятельность этой рефлексии видна в актах соединения и разделения понятий, что и составляет работу мышления. Задача философии в отношении богопознания заключается для него в разумном уяснении истины бытия Божия и развитии правильных понятий о Его существе. Возвышение человеческого духа к Богу проявляется как во внутреннем чувстве, так и в последовательном развитии целой системы философского знания, т.к. «вся совокупность знания и деятельности утверждается единственно на идее безусловной истины и правды и препровождает к ней». Основывающаяся на самодостоверности идея бытия Божия выступает высшим основанием знания. При этом, подчёркивает С.С. Гогоцкий, непосредственное сознание идеи Бога не следует смешивать с отчётливым осознанием этой идеи. Человеческое богопознание неполно и несовершенно, т.к. полное богопознание существует только в Самом Боге. Познание мира, согласно С.С. Гогоцкому, есть такой процесс, в котором «наш душевный агент не только безотчётно воспринимает, но и сознательно, отчётливо ставит в своём представлении доступную ему действительность». В истории русской философии он воспринимается как один из самых значительных русских гегельянцев, однако исследователи дифференцируют его отношение к немецкой классической философии вообще и к отдельным положениям системы Г.В.Ф. Гегеля в частности. Рассматривая критику Иммануилом Кантом онтологического доказательства бытия Божия, С.С. Гогоцкий указывал, что не следует отделять теоретический и практический разум, т.к. разум в нашем духе один.