Среди теоретических вопросов греческой палеографии и кодикологии она, прежде всего, обратила внимание на типы греческого письма – унциал и минускул. В статье «К вопросу о византийском минускуле» пересматривались некоторые сложившиеся стереотипы в понимании особенностей этого типа письма. Автор применила новый подход к рукописи как к целостному памятнику книжной культуры, в котором особенности внешнего оформления тесно связаны с содержанием и назначением. В статье «Унциальный период византийской письменности» Е.Э. Гранстрем подвела итоги изучения унциала, показала, что в период унциального письма (IV–IX вв.) сложились основные особенности византийской рукописной книги: новая форма (кодекс), распределение текста на листе и типы разлиновки листа, применение разных видов письма для разных текстов и частей текста, наличие орнамента и миниатюр, применение диакритических знаков и специальных знаков-символов (обе статьи на долгие годы стали единственными пособиями по данной тематике на русском языке). В июне 1969 г. на филологическом факультете Ленинградского университета Е.Э. Гранстрем защитила докторскую диссертацию «Греческие средневековые рукописи ленинградских хранилищ и проблемы истории письма и книги в Византии». В работе, ставшей крупным событием в отечественной науке, история рукописной книги как целостного памятника материальной и духовной культуры была органично вписана в историю византийской культуры. Е.Э. Гранстрем дала подробный обзор развития греческой палеографии и кодикологии, ввела понятие «мировой фонд греческих рукописей» (совокупность всех сохранившихся письменных источников на греческом языке), дала его развёрнутую характеристику (считала необходимыми учёт и систематизацию всех собраний). Не менее значим её вклад в славяно-русскую палеографию и филологию. На материале славянских и русских рукописей, описанием которых она занималась в Государственной публичной библиотеке в 1950–1960 гг., сделаны её первые обобщения в области славяно-византийских связей: «О связи кирилловского устава с византийским унциалом», «К вопросу о происхождении глаголической азбуки», «Сокращения древнейших славянских рукописей». Статьи Е.Э. Гранстрем о глаголической азбуке имеют фундаментальное значение, в них автор ставит вопрос о происхождении обеих славянских азбук и их соотношении с греческой азбукой. Она опровергала представление о происхождении глаголицы от византийского минускула, считала источником глаголических букв систему специальных знаков, употреблявшихся в греческом письме; из 42 знаков глаголического алфавита для 31 определила возможные прототипы, а остальные 11 букв признавала изобретением Кирилла (Константина) Философа.