В 1944 г., во время бомбардировок Берлина, погибли его богатая библиотека и архив. Сам И.А. Гарднер, получив сильное расстройство нервной системы, бежал из разорённого Берлина и обосновался в г. Бад-Райхенхалль (Бавария). Решением Архиерейского Синода РПЦЗ в 1944 г. он был уволен с должности викария Берлинской и Германской епархии и запрещён в служении. В 1950 г., согласно прошению И.А. Гарднера, Синод вынес решение о снятии с него архиерейского сана и монашества по причине вступления в брак. В начале 1950 гг. И.А. Гарднер работал регентом в католической церкви св. Петра Клавера в Зальцбурге и, возможно, в лагере русских беженцев, был переводчиком и автором статей о церковном пении в периодических изданиях «Луч» и «Heiliger Dienst». В 1953 г. при поддержке живущего в США музыковеда Альфреда Свана И.А. Гарднер решил возобновить научные занятия церковным пением. Также начал сотрудничество в качестве консультанта и дирижера с немецким хором имени Иоанна Дамаскина, основанным католическим священником Паулем Хайнрихсом в Эссене. В 1954 г. при содействии Эрвина Кошмидера И.А. Гарднер получил место лектора на философском факультете Мюнхенского университета по курсу «Литургическая музыка Русской Православной Церкви» и пребывал в этой должности до конца жизни (в последние годы из-за болезни вёл семинары на дому). В 1965 г. за диссертацию «Проблема древнерусского церковного демественного пения и его безлинейной нотации» ему была присуждена учёная степень доктора философии от Мюнхенского университета. В 1967 г. И.А. Гарднер начал сотрудничать с Комиссией восточнославянских и южнославянских исследований Баварской Академии наук. Активно работал как учёный, публицист, лектор и педагог, завоевав славу одного из наиболее эрудированных и глубоких исследователей русской церковной музыки эпохи Средневековья и Нового времени. Научные труды И.А. Гарднера после Второй мировой войны были опубликованы на немецком языке в периодических изданиях «Die Welt der Slaven» (Висбаден), «Ostkirchliche Studien» (Вюрцбург), «Musik des Osten» (Кассель), «Kirchenmusikalisches Jahrbuch» (Кёльн). Его работы на немецком языке обычно выходили за подписью «Johann von Gardner», хотя их автор не был немцем по национальности и считал себя русским шотландского происхождения. Статьи И.А. Гарднера научно-популярного и публицистического характера, а также рецензии выходили в послевоенный период в русскоязычных эмигрантских периодических изданиях «Русская идея», «Наше общее дело», «Зарубежье» (Мюнхен), «Родные перезвоны» (Брюссель), «Жар-птица» (Сан-Франциско), «Русская мысль» (Париж), «Православная Русь», «Православная жизнь», «Православный путь» (Джорданвилл) и др. И.А. Гарднер выступал на научных конференциях и читал лекции о русской церковной музыке в Германии, Бельгии, Париже, Швейцарии, Финляндии, поддерживал контакты с музыковедами-русистами из разных стран, в том числе с жившими в СССР: Николаем Дмитриевичем Успенским (1900–1987 гг.), Максимом Викторовичем Бражниковым (1902–1973 гг.), Георгием Всеволодовичем Келдышем (род. в 1907 г.). С 1956 г. он выступал с передачами о церковном пении на радиостанции «Голос Америки».