В октябре 1688 г. она познакомилась со священнослужителем, писателем и богословом Франсуа Фенелоном (1651–1715 гг.), который попал под влияние её учения (особенно сильное влияние в этом направлении на неё оказал монах Лакомб). Она ездила с ним в Женеву, завязала там сношения с мистическими братствами, постоянно говорила о видениях и чудесах. Приехав в Париж, она начала проповедовать мистическую «чистую любовь» к Богу, пассивное отношение к добру и злу как одинаковым проявлениям божественной воли, полное равнодушие к вопросу о спасении души. Среди представителей правоверного католицизма её деятельность возбудила протесты. В 1693 г. против её доктрины выступил Шартрский епископ Поль Годе де Маре. В 1694 г. Жанна Мария Гюйон потребовала создать комиссию для изучения её произведений из трёх авторитетных богословов во главе с епископом Мо Жаком-Бенинем Боссюэ (1627–1704 гг.), с которым она состояла в переписке. Работа комиссии происходила в форме так называемых конференций в Иси (conférences d'Issy) с 16 июля 1694 г. по 10 марта 1695 г., с февраля 1695 г. к участникам присоединился ставший к тому времени архиепископом Камбре Фенелон. Комиссия представила список ошибочных тезисов Жанны Марии Гюйон, среди которых главными были учение о «бесконечной любви» и «пассивной молитве». Сочинения Жанны Марии Гюйон были осуждены, её заставили подписать отречение от них, но выдвинутые в ходе обсуждения толкования её доктрины впоследствии стали предметом спора между Фенелоном и Боссюэ, закончившегося осуждением учения Фенелона (12 марта 1699 г.). Однако Жанна Мария Гюйон продолжала свою проповедь и за это в декабре 1695 г. – октябре 1696 г. была заключена в монастырь в Венсене, потом под домашний арест, а с июня 1696 г. до марта 1703 г. – в Бастилию. Последние годы жизни провела в уединении в имении зятя в Блуа, где скончалась. Собрание её сочинений было издано в Амстердаме в 1713–1722 гг. вместе с её автобиографией, переиздано в Париже в 40 томах в 1790 г. Кроме «Легчайшего способа молиться» Жанне Марии Гюйон принадлежат: ряд толкований на книги Ветхого и Нового Заветов, Песнь Песней Соломона («Le Cantique des cantiques», 1688 г.), сочинение автобиографического характера «Жизнь госпожи Гюйон» («La Vie de Mme J.-M. B. de La Mothe Guion, écrite par elle-même», 1720 г.) и другие сочинения. Учение Жанны Марии Гюйон примыкает к тому направлению в католической мистике (Пётр Алькантарский, Хуан де ла Крус, Франциск Сальский), которое придавало большое значение «умной» молитве и молитвенному созерцанию, основанному на самоуглублении.