Основу тринитарного учения Гильберта Порретанского составляет различие в Боге между «тем, что есть» (id quod est) и «тем, благодаря чему есть» (id quo est). «То, что есть» – это три Божественных Лица, которые суть «самостоятельно сущие» (subsistentes) и «подлежащие» (supposita); а «то, благодаря чему есть» – это сущность (essentia, divinitas, subsistentia), благодаря которой Они суть то, что Они суть. По мнению исследователей, в этом пункте учение Гильберта Порретанского представляется совершенно новым и отличным от всей прежней западной богословской традиции, идущей от Августина Блаженного; поэтому оно не случайно подверглось осуждению на Соборах в Сансе и Реймсе. Как выясняется из критики этого учения Гильберта Порретанского его современниками (в частности Готфридом Клервоским), Гильберт Порретанский полагал, что то, что существует в Боге благодаря этой единой сущности, есть не одно, а «некие три единичных предмета» (tria singularia quaedam), «три счисляемые вещи» (tres res numerabiles), так что единая по числу форма существует во множественных вещах. Определяя вслед за Боэцием лицо как «индивидуальную субстанцию (ипостась) разумной природы», Гильберт Порретанский утверждал, что в Боге «одна сущность (essentia) и три субстанции (substantiae, ипостаси)». При этом это единство сущности (или формы) служит основанием того, что Лица Святой Троицы, будучи тремя отличными друг от друга единицами (tres unitates), не могут быть названы тремя Богами. Но ни в отдельности, ни в совокупности они не суть Божественные сущности, поскольку есть единая и неделимая Божественная сущность, благодаря которой существуют три Лица, но которая не тождественна Им Самим. Этим устанавливается реальное различие между Божественной сущностью и тремя Лицами. В этом учении исследователи усматривают «вторжение в теологию концепции реализма», но расценивают его и как своеобразную попытку возродить традиционное учение греческих богословов (прежде всего, великих каппадокийцев) о различии в Боге сущности как общего и ипостасей как особенного (частного, индивидуального), вытесненное на Западе августиновским «эссенциализмом». В самом деле, в «Комментарии на книгу Боэция о Троице» встречается критика августиновского тринитарного учения (без упоминания имени Августина Блаженного). Гильберт Порретанский  считал, что некоторые впадают в ошибку савеллиан (т.е. в модализм), полагая, что соотношение между Божественной сущностью и тремя Лицами можно сравнить с отношением между единой душой и её умом, познанием и любовью (unius animae mentem, notitiam, amorem) или единым умом и его памятью, мышлением и волей (unius mentis memoriam, intelligentiam, voluntatem), будто бы как есть одна-единственная душа, в которой сказываются ум, познание и любовь, или как есть один-единственный ум, в котором сказываются память, мышление и воля, точно так же и Бог есть один-единственный самостоятельно сущий (unus solus subsistens) и один и Тот же Самый (idem ipse) благодаря личным свойствам есть и Отец, и Сын, и Святой Дух. Он говорил: «Пусть никто не считает, что по причине того, что об Отце, Сыне и Духе Их обоих говорится: «Бог, Бог, Бог», тут происходит повторение одного самостоятельно сущего (unius subsistentis), но – лишь сущности (subsistentiae), которая как единая и нераздельная сказывается в различных (самостоятельно сущих), то есть об Отце, Сыне и Их Духе».