Однако по мере обострения конфликта между папой и императором приверженность Гуго реформе вступила в противоречие с его лояльностью к императорскому дому. Уже при Гуго аббатство Клюни из инициатора и вдохновителя церковной реформы постепенно превращалось в умеренного и непоследовательного её сторонника, готового на компромисс со светской властью. В письме папа Григорий VII упрекал Гуго, что тот поддерживает реформу больше на словах, чем на деле. Широкая дипломатическая деятельность Гуго была направлена на урегулирование конфликтов в разных частях Европы: он способствовал примирению короля Леона и Кастилии Альфонсо VI с императором Генрихом IV и венгерским королём Белой I. По просьбе английского короля Вильгельма I Завоевателя в Англии были основаны первые клюнийские монастыри. Гуго содействовал Реконкисте в Испании и замене в литургии испано-мосарабского обряда римским. Проповедовал первый Крестовый поход. Гуго умер на Страстной неделе. На могиле Гуго стали происходить чудеса, что сделало её объектом паломничества. В 1119 г. папа Геласий II отправился к месту упокоения Гуго, но по дороге скончался в аббатстве Сен-Жиль (похоронен в Клюни). 6 января 1120 г. папа Каллист II канонизировал Гуго. Канонизации святого, начатой по инициативе аббата Клюни Понтия де Бургейя, впервые предшествовал опрос свидетелей чудес и исцелений, а также тщательное изучение документов. С разрешения папы Гонория III в 1220 г. реликварий с мощами Гуго был выставлен для публичного поклонения. В 1562 г. мощи Гуго были захвачены гугенотами и развеяны по ветру. С XII в. в знак особого почтения к Гуго аббатам Клюни даруется сан кардинала. В 1120 гг. начался серьёзный кризис клюнийского движения, отмеченный борьбой умеренного крыла и сторонников реформы (впоследствии сторонники реформы возобладали и способствовали избранию аббатом Клюни Петра Достопочтенного). На период кризиса приходится начало составления Житий Гуго. Первое Житие Гуго, автором которого, согласно преданию, был некий Эзелон, не сохранилось. Среди биографов Гуго были представители обеих партий, которые, восхваляя Гуго, по-разному расставляли акценты в рассказе о его деятельности. Обширная агиографическая традиция включает тексты XII–XIII вв., среди них – семь Житий, рассказы о чудесах, литургические сочинения. Литературное наследие Гуго представлено, в основном, письмами, из которых сохранилась лишь малая часть, и рядом сочинений прагматического характера. В число корреспондентов Гуго входили папы Григорий VII и Урбан II, императрица Агнесса и её сын император Генрих IV, король Альфонсо VI и английский король Вильгельм I Завоеватель, Пётр Дамиани и архиепископ Ансельм Кентерберийский.